疫情指揮中心開設已超過一千天，日前也舉行慶祝活動，陳時中在擔任908天指揮官後，被民進黨提名參選台北市長，而與蔣萬安、黃珊珊候選人進行交互駁火的三腳督選戰模式。然而指揮中心卻近日爭議不斷，包括高端採購爭議以及被在野黨批評為陳時中第二競選總部等。近日因衛福部長薛瑞元、疫情指揮官王必勝、發言人莊人祥夜訪陳時中競選總部，由於碰巧遇到在野黨質疑高端疫苗爭議又逢陳時中參選台北市長競選期間，雖是下班時間，尚無違反《公務人員行政中立法》規定，然仍被質疑社會觀感不佳與違反行政中立精神，使指揮中心一直被批評為陳時中第二競選總部話題持續延燒。
疫情指揮中心本為因應新冠肺炎流行而設置之中央層級的任務編組單位，掌握權力與大量資源，然卻一直被批評為陳時中第二競選總部，其原因與爭議實質進行探討：
遊走行政中立灰色地帶為陳時中搭建競選舞台
據媒體報導，陳時中還沒準備防疫指揮官交接便宣佈參選引發「落跑指揮官爭議」，而陳時中將指揮官交棒給王必勝後，衛福部與指揮中心的相關作為更是引發各種批評。諸如年民進黨七月剛通過徵召陳時中參選台北市長，衛福部隔沒幾日便舉辦「戰疫堡壘」新書發表會，為陳時中的光環加持。7月18進行衛福部職務交接，致詞時公然要大家「惠賜一票！」。指揮中心交接儀式則由民視女主播主持來主持過程高達八分鐘，並淪為為選舉造勢活動，當時亦並引發防疫預算濫用爭議。而陳時中競選總部成立大會，衛福部長、中央流行疫情指揮中心指揮官、衛福部次長、食藥署署長皆出席陳時中成立競選總部以表支持。連10月15日福部疾管署還針對指揮中心設計1000日舉行「疫情指揮中心舉行千錘百鍊、蘋安幸福」COVID-19防疫1000天活動」，除了再次歌頌防疫成就，亦不忘提及陳時中。近日，陳時中則遭質疑於衛福部長任內護航高端疫苗，衛福部長薛瑞元卻帶隊赴陳時中競總密會等等相關作為引發行政中立、民眾觀感不佳爭議。
指揮官光環並未對陳時中選舉帶來加分效果
陳時中擔任指揮官初始的高民調，使其獲得代表民進黨參選台北市長選舉機會，指揮中心持續高密度記者會與曝光度為其建構良好舞台，透過各種媒體行銷，來塑造「防疫英雄」形象，期望透過指揮中心指揮官觀光環來獲得選票，不過隨著2021年華航諾富特飯店事件後，讓人民生命與經濟受到重大損失，2022年疫情呈現爆發式成長，感染與死亡人數不斷攀升，超前部署淪為落後部署，疫苗、缺快篩、護航高端、高端疫苗價格爭議，讓疫情中心效能與人民感受似有極大落差。
