相較於聯邦制，以色列─巴勒斯坦「邦聯」則是以兩個獨立的主權國家為基礎，組成高度合作、交流的聯盟。聯盟是由若干獨立國家組成的聯盟，不具備構成一個國家所必需的全部要素，不具有完整的國際法主體資格，沒有統一的中央政權機關，也沒有統一的立法和財政預算。各成員國公民只有其本國的國籍，而沒有邦聯的共同國籍。在邦聯之下，各成員國都是獨立主權的國家。
智庫「以色列區域外交政策研究中心」（Mitvim）研究員申德琳（Dahlia Scheindlin）指出，以色列─巴勒斯坦邦聯（Israeli-Palestinian Confederation）包括兩個政府，兩個國家元首，並以1967年六日戰爭前的以巴分界做為邊界，雙方都是主權國家，可以自由地定義其國家性質。邦聯制與傳統兩國模式不同之處在於，兩個主權國家之間可以透過協議建立可以自由移動、觀光、工作和就學的邊界。
自由移動的以色列─巴勒斯坦邦聯邊境
現在的以巴邊界間限制重重，巴勒斯坦人日常生活上受的限制比以色列人還要嚴苛，約旦河西岸居民要在以色列境內的任何地方旅行，包括耶路撒冷在內，都需要獲得以色列政府許可，即使申請通常也都會被拒絕。居住在加薩走廊的巴勒斯坦人幾乎是完全被困住，建立能夠自由移動的邊界才能擺脫令人窒息的限制。
自由邊界對以色列人的好處在於，未來他們可以自由造訪約旦河西岸的許多猶太教聖地，包括麥比拉洞（Cave of Machpelah）、伯利恆（Bethlehem）的「拉結之墓」（Rachel's Tomb）等猶太聖地。在傳統的兩國方案中，這些地點將完全劃歸巴勒斯坦境內，這也是為什麼過去許多以色列人對以兩國方案興趣缺缺的原因之一。
耶路撒冷作為以色列和巴勒斯坦兩國首都，將由兩國共享主權，透過特殊國際組織管理，類似於1947年11月「聯合國巴勒斯坦分割方案」（UN Partition Plan）中將耶路撒冷劃設為「獨立個體」（corpus separatum）交由聯合國管轄。由於邊境間自由移動，以巴兩國不會再將耶路撒冷一分為二，而是各自在東西部經營各自的自治區。
以、巴兩國公民享有另一國之永久居留權
除了允許兩國公民自由移動的邊界，以巴邦聯制下的兩國，必須讓另一方遵守地主國法律的公民享有永久居留權，並允許他們參加地方選舉。中央選舉則僅限各自國籍的公民才有投票權。這個方案提供了1948年因第一次中東戰爭爆發，必須逃離家園的巴勒斯坦難民一個回家的機會，只要遵守以色列的法令，就可以獲得永久居留權，但投票權仍受限制。
以巴雙方的經濟往來已經相當頻繁，雙方使用相同的貨幣「以色列新謝克爾」（Israeli new shekel）購買彼此的貨物。以色列銀行指出，2012年81％巴勒斯坦貨物出口到以色列，以色列也向巴勒斯坦出口價值約45億美元貨品，數字仍不斷增長。以色列的科技公司也開始僱用巴勒斯坦人。
唯有共同努力，才能邁向和平
過去兩國方案的硬邊界將加深以色列與巴勒斯坦的經濟差距，導致經濟孤立，更可能使衝突加劇。未來在邦聯制下，以色列可以幫助巴勒斯坦的經濟發展，加強彼此合作，共同管理水源和汙染，促進民間與政府的協調。邦聯制也提供雙方合法解除邦聯的「退出條款」，能夠吸引願意折衷的以色列左、右翼和巴勒斯坦人。
申德琳指出，一直堅定支持兩國方案的前以色列宗教事務部長貝林（Yossi Beilin）和現任以色列總統里夫林（Reuven Rivlin）也公開贊成邦聯制。但儘管如此，唯有以色列和巴勒斯坦共同努力，才能真正終結數十年的血腥衝突，邁向可長可久的和平。
