徐友漁在文革中不但是紅衛兵，他也自承是四川紅衛兵的「小頭目」，但只有家庭出身是農工軍的「紅五類」學生，才有資格抄家、批鬥和奪權，背景是地主、富農、右派的「黑五類」學生則因為父輩是反動派，被剝奪參加批鬥與造反的資格。因此徐友漁說他並非比別人更有道德，而是連做壞事的權力都沒有，但他也說，在中國當時集體喪失理性的氛圍下，「如果我當時是工人階級出身，這種壞事我一定會做的」。
當他目睹文革期間的種種慘劇與武鬥場景，除了感受到文革的黑暗內幕，以及中共朝令夕改、任何人都有可能隔日成為被批鬥的對象，對於中共與中國都有了不同於過去的認識與反思。等到1977年鄧小平拍板恢復高考，當初的文革闖將們終能回到大學讀書，徐友漁說自己絕對不是天才，只是當大部分人都荒廢學業12年，他持續苦讀的效果自然顯現出來。深覺被文革耽誤了12年的徐友漁，上了大學還想把被耽誤的時間盡量挽回一些，校方也很開明，破例批准進大學才半年的徐友漁報考研究生。
如今看來謙和內斂的徐友漁笑稱：「現在想來當初確實是狂妄，因為我覺得我好多門專業都可以考！」這樣一位狂傲自負的青年，當初又為什麼會選擇報考哲學所呢？徐友漁說：「有意義的問題就在這裡。」徐友漁說，當初他報考大學時最想念的是分子生物學，但他因為家庭「出身不好」和被認為年齡偏大，沒能通過政治審查，當局根本不讓他唸這種尖端科系，原本連大學都不讓錄取。但徐的成績上大學實在夠格，最後還是被派到了「最不需要政治要求」的師範學院數學系。
等到真想提早報考研究所時，馬列主義專業一度出現在徐友漁的考慮名單中，不過不是因為他熱愛馬列主義，而是覺得要改變中國的現實，搞馬列主義是進入中國政治的門徑。但徐友漁說，他那一代中國的讀書人要是反對毛澤東，往往用的也不是西方國家的人道主義思想，「引用正統的馬克思主義就可以了」。對於馬列主義所透露出的那些教條與獨斷傾向，徐友漁說他很早就覺得不對脾胃。不過因為著名經濟學家於光遠當時也在中國社科院，徐友漁自承想攻讀馬列主義這個念頭，其實一大部分也是想到投到改革派學者的門下。
徐友漁當時也認為，中國人需要的不僅僅是馬列主義、或者任何實際的學問、或者很快地投入實際地政治運作面，而應該是「改變中國人最深層次的思維方式」。所以他想攻讀經驗主義、分析哲學思想，希望改變中國人空談、不講邏輯、不重事實與推論的惡習，在此考量之下，徐友漁最終自覺性地選擇了哲學研究所。
