九一一恐怖攻擊震驚全世界，美國迅速鎖定元凶是伊斯蘭教遜尼派極端組織「基地」（Al-Qaeda），幫凶則是包庇窩藏「基地」的阿富汗「神學士」（Taliban）政權。美國總統小布希（George W. Bush）展開全球反恐戰爭，阿富汗最重要鄰國巴基斯坦與穆夏拉夫也因此躍升為美國的關鍵盟友——如果雙方能建立盟邦關係。
穆夏拉夫在2006年出版的回憶錄《親上火線》（In the Line of Fire）中回憶，當時小布希政府派遣副國務卿阿米塔吉（Richard Armitage，曾多次訪問臺灣）前往伊斯蘭城，警告巴國若拒絕合作，將會被「炸回石器時代（be bombed back to the Stone Age）」（美方否認）。
穆夏拉夫做出重大決定：與美國合作。巴國同意美軍使用其軍事基地、領空與道路，對阿富汗美軍進行運補與支援。巴國軍情單位也協助美軍獵捕或獵殺數十名「基地」的高幹。當然，天下沒有白吃的午餐，超級強權亦然，美國在過去20年間為巴國送上約320億美元的各式援助。
儘管被小布希譽為「堅強的自由捍衛者」，但穆夏拉夫還是要兩邊下注：一邊支援美軍反恐戰爭，一邊包庇在巴國北部運作的「基地」與神學士；2011年「基地」領導人賓拉登（Osama bin Laden）遭美軍獵殺的地點，就在巴國北部，距離伊斯蘭城僅120公里。穆夏拉夫後來聲稱，這麼做是為了阻止印度將黑手伸進阿富汗。
反恐戰爭在巴國掀起極大爭議。對歐美國家及其盟邦而言，「基地」與神學士固然是十惡不赦，但他們在巴國社會與軍方（以及更廣大的穆斯林世界）絕對不缺同情者與支持者。這場戰爭加上穆夏拉夫本人的世俗化意識型態，成為巴國自家恐怖主義的導火線。穆夏拉夫逃過多次暗殺行動，但他的國家逃不過野火燎原的恐怖攻擊。
其實在九一一事件之前，穆夏拉夫還有一次改變歷史的機會。2001年7月，穆夏拉夫訪問「世仇」印度，與印度總理瓦巴依（Atal Bihari Vajpayee）舉行峰會，目標是簽署一份已有眉目的世紀和平協定。然而經過三天的磋商，雙方仍然無法克服自家鷹派勢力的阻撓，喀什米爾的死結仍然無解，峰會功虧一簣。
穆夏拉夫在外交與國安上毀譽參半，在內政改革上則是虎頭蛇尾，早早就對保守勢力讓步；只有經濟表現差強人意。這樣的成績單顯然無法讓穆夏拉夫接受，他想方設法鞏固與延長政權，手法日益強硬粗暴、破壞體制。但巴國各方逐漸失去耐心，司法界與他的對抗尤其激烈，軍方對他的支持也開始動搖。
2008年8月，在國會彈劾陰影下，穆夏拉夫黯然辭職，結束不到九年的「獨裁者」生涯，三個月後出國流亡，他為國家政治、社會、經濟正本清源的宏願終歸破滅。
獨裁者的晚年可謂歹戲拖棚。穆夏拉夫對辭職下臺始終很不甘心，認定「平反」與搶救自身歷史地位之道就是重掌政權。2013年，他回到巴國，試圖投入當年的國會選舉，但巴國民眾反應冷淡，選委會取消他的候選人資格，政府以「叛國」罪名起訴他。穆夏拉夫準備出庭那天，巴國軍方出手攔截，將老長官送進醫院，算是為他留一點顏面。
2016年，穆夏拉夫以「保外就醫」的方式再度出國流亡，落腳阿拉伯聯合大公國（UAE）的杜拜（Dubai）。2019年12月，巴國法院以破壞憲政體制為由，判決穆夏拉夫有罪，刑度則是死刑。儘管是不可能實際執行的「缺席審判」，但前軍事強人遭司法體制重懲，這在巴國可謂史無前例，而且可能是穆夏拉夫對國家的最後一項「貢獻」，證明了法律之前、人人平等，就連前獨裁者也無法例外。
