上面提到外蒙古是由格魯派（黃教）的「哲布尊丹巴呼圖克圖活佛」統領，在清末民初時期的哲布尊丹巴呼圖克圖活佛名字是「阿旺垂濟尼瑪丹彬旺舒克（簡稱阿旺）」，他是格魯派承認的第八世哲布尊丹巴呼圖克圖活佛。阿旺於1869年出生在清末四川康區理塘的一個藏人家庭，因為父親在布達拉宮擔任財務會計的工作，因此幼年時就在布達拉宮出入，結果4歲時被認定為第七世哲布尊丹巴呼圖克圖活佛的轉世靈童，從此他與整個家庭的命運都改變了。
1874年阿旺全家前往外蒙古庫倫，並在庫倫的甘丹寺正式坐床，並開始學習藏傳佛教的宗教課程與事務，更重要的是他也開始學習處理政務，因為活佛本來就是政教合一的領袖。外蒙古盟部旗的首領們也必須聽從活佛指示，因為牧民們都是信仰藏傳佛教的。
阿旺在幼年時代就開始擔任活佛，不過他很快控制了外蒙古的政教大權，並有意地拉攏沙俄勢力對抗清朝勢力，想取得外蒙古獨立自主權，恢復成吉思汗大蒙古帝國的榮光。這是所有蒙古人的正常思維，對於中國中央政府來說卻是妥妥的蒙獨分子了。
由於清代在內外蒙古地區實行之盟旗制度嚴謹，各旗旗主（扎薩克）由朝廷冊封，在劃定的草場上轉場游牧，各旗牧民不得越界，違者重罰，此措施有效地防止蒙古各部族串聯起來造反，但仍無法阻止許多被蒙古貴族壓榨的底層牧民起來造反，畢竟有的王公貴族太過貪婪，增加太多賦稅，比如一般而言，蒙古牧民每年向王府或旗之扎薩克繳納實物稅：「有牛一頭，交米三鍋，牛兩頭交米六鍋，牛五頭以上交羊一隻，羊二十只以上交羊一隻，羊四十只以上交羊二隻《奉使土默特貝勒旗會審老頭會日記》（同治三年九月二十四日）」
但在特殊戰爭動員時期，征人征物可就無上限了，蒙古牧民雖然安靜日久，但也不是沒有血氣的，許多活不下去的底層牧民起來抵抗貴族階層剝削所在多有，甚至需要清廷中央派兵進剿才能解決。
蒙古博格達汗國成立
1912年2月12日，清朝發布退位詔書，將政權合法轉移給中華民國以換取優待，宣布中華民國就是清朝政府的繼承政府:「總期人民安堵，海宇又安，仍合滿、漢、蒙、回、藏五族完全領土為一大中華民國。」其實中國朝代的繼承很少有如此和平的，通常是武力推翻前朝，強迫所有人承認新朝政府的。
清朝退位滅亡，蒙古人不想加入中華民國，是可以理解的，畢竟在1911年10月武昌革命起事前後，中國各省紛紛響應起來推翻清朝皇帝的統治，漢人還在過程中喊出「驅除韃虜，恢復中華」的口號，顯然也在被排斥的「韃虜」之列的蒙古人當然得自尋出路了，怎麼可能願意加入漢人的國家？當時外蒙古人口雖不滿百萬，但問誰都不會願意加入由漢人建立的新朝代或新國家。當然當時的蒙古已經受帝俄勢力的大影響，已經沒有太多決定自己命運的權力。
