本條規定乍看之下似乎僅有排除時效制度之問題，事實上卻可能同時違反具有本質重要性，亦為憲法整體基本原則所在的「權力分立與制衡原則」（參照大法官釋字499號解釋）。換言之，在時效制度上，至少有兩點是非常清楚的，即無論何種時效制度，其不僅具有保障當事人權利之功能，亦同時具備高度的公共利益，大法官甚至認為時效制度是屬於「絕對法律保留事項」（參照大法官釋字474號、723號解釋），因此，如果要「毫無例外」地排除時效制度，理應具有更高度或更強烈的公共利益，而且是實現立法目的所必要且侵害最小的手段。然而，至少對於「尚未罹於時效」的案件而言，當事人原本即可經由司法程序獲得公平、公正的裁判，並不存在因罹於時效而使權利無法獲得救濟的情況，況且，司法實務上亦確實曾經處理過許多類似的案件，而且是由提起訴訟的當事人獲得勝訴。黨產條例對於案件態樣不為合理之區分，一律以行政高權的處分方式取代尚未罹於時效案件所應依循的司法程序，此部分亦顯有違反比例原則，以及權力分立與制衡原則之疑慮。
另一個同樣必須嚴肅面對的問題，則是黨產條例具有罕見的溯及既往效力。當然，立法者確實可以在例外情況下制定溯及既往的法律，但必須是基於「充分且必要之公共利益」。至於此種公共利益必須到達何種程度方屬合憲？根據學者的研究指出，對於此「充分且必要之公共利益」是否存在，司法機關乃採取嚴格的審查態度。例如法國舊的消費者保護法典規定，房屋貸款契約必須載明每期償還情況之本金利息表，一旦契約違反此法定形式要件，其法定制裁效果就是「貸款銀行不得收取貸款利息」。爾後在貸款契約訴訟中，法院認定銀行之貸款契約違反此強制規定，因而判定銀行不得收取貸款利息。此判決導致諸多貸款戶以同樣理由拒絕繳納利息，造成銀行大量的利息損失，故銀行業者求助於立法者。法國國會遂於1996年4月12日通過法律，將依據舊法不得收取利息的瑕疵契約全部予以合法化，亦即新法溯及已存在之瑕疵契約，透過溯及效果而除去其瑕疵制裁，使銀行可以收取原有之貸款利息。
此溯及既往之立法理由自然是為了重大公共利益，因為若眾多銀行因其契約瑕疵而不得收取利息，此將導致銀行嚴重受損，破壞國家金融秩序。此溯及既往之新法及其立法理由，被法國憲法委員會認為具有重大公共利益而合憲，但最後卻被歐洲人權法院判定違反歐洲人權公約。歐洲人權法院在本案中特別強調，此等溯及既往之法律侵害人民之財產權，而其所主張之理由尚未到達「銀行產業與國家整體經濟將陷入危難之境地」，因此尚不屬於「國家不得不介入之公共利益」。
