財團法人法自去年8月1日公布以來，主管機關已針對若干法律疑義作成解釋函令，避免財團法人在適用法律上的無所適從。舉例而言，本法第19條第1項規定，財團法人財產之保管及運用，應受主管機關之監督，同條第3項第5款規定：「財產之運用方法如下：…五、於財團法人財產總額百分之五範圍內購買股票，且對單一公司持股比率不得逾該公司資本額百分之五。」
上開條文乃是立法院在審議過程中協商所增訂，目的是為了避免財團法人運用過多財產進行投資行為，承擔過高的風險，並且避免財團法人過度介入營利事業，影響財團法人公益目的之推行。但是，姑且不論上開規定所設計的「雙百分之五門檻」，是否在長期低利率且景氣不好，向社會大眾募款困難的情形下符合財團法人推動公益的實際需求，光是此一規定是否適用於財團法人在本法施行前已購買並持有的股票，即造成許多財團法人的困擾。
從法理上而言，大法官釋字574號解釋理由書曾明確揭示，法治國原則為憲法之基本原則，首重人民權利之維護、法秩序之安定及信賴保護原則之遵守。法律一旦發生變動，除非法律有溯及適用的「特別規定」外，原則上應自法律公布生效之日起，向將來發生效力，也就是一般所稱的「法律不溯及既往原則」。在此原則下，財團法人法既未設有溯及適用的明文規定，本即不應以解釋適用的方式，強制財團法人必須賣股票。但是，為了讓財團法人能夠安心推展公益活動，法務部仍然特別以解釋函令表示，財團法人於本法施行前，如購買股票且已超過財團法人財產總額5％，或購買持有單一公司股票並對該公司持股比率已超過其資本額5％者，毋須調整賣出股票（參照法務部108年1月4日法律字第10703519090號函）。
不過，財團法人法仍然還有許多適用上的疑義，至今仍未獲得主管機關明確的解釋。例如，本法第25條第3項第2款規定，除非補助、捐贈或受獎助、捐贈者，「事先以書面表示反對」，否則財團法人應主動將前一年度的補助、捐贈，以及受獎助、捐贈者的姓名或名稱，以及補（獎）助、捐贈金額公開（違反者得按次處罰）。然而，如果上開情形是發生在本法施行「後」，所衍生的問題則是例如透過ATM的小額捐款，甚至是捐贈「發票」之情形，財團法人在客觀上根本無從確認捐贈人的真實身分，但小額捐款或捐贈發票，卻是許多財團法人能夠持續推動公益活動，幫助社會弱勢的重要力量，此時在法理上，自應將該等情形排除於強制公開資訊之範圍，否則顯然與期待可能性及比例原則的精神有違。
