還有讓梵蒂岡更加苦惱的是，懸缺十年的上海教區主教，中國在2023年4月4日竟然沒有根據《主教任命臨時協議》，擅自宣布由政協常委沈斌擔任上海主教，沈斌也是中國天主教主教團主席。教廷梵蒂岡新聞（Vatican News）則在4日稍晚證實，拒絕承認這項任命。
沈斌原本是海門教區主教，他和北京教區的李山主教都是目前中生代的主教，兩人的主教任命也是經過教宗同意的。然而，此次轉任上海教區主教，卻沒有經過教宗的認可。顯示中國對於《主教任命臨時協議》開始意興闌珊，讓沈斌的轉任就是對於梵中關係最新的挑戰。
上海是中國天主教非常活耀的教區，原本老主教金魯賢在1985年被祝聖為上海官方教會主教。金主教在1950年獲羅馬額我略大學神學博士，和單國璽共學而相交成為好友，他在1951年回上海，1955年9月8日，與當時上海教區的龔品梅主教（1988年獲釋而轉赴美國治病，1991年6月29日被教宗若望保祿二世擢升為樞機主教）和大批神父被冠上反革命罪名入獄。在監獄和勞改營裡度過了27年後，1982年獲釋。金主教是教廷和北京都承認的主教，同時也一直扮演官方教會和地下教會之間，雙方調解達成諒解的重要角色。
2005年金主教已高齡89歲，6月28日42歲的邢文之神父被任命為上海輔理主教，輔佐金主教，也是安排他未來接班。邢的任命又同時獲得中國教會和梵蒂岡的認可。2006年邢主教因拒絕參加安徽教區劉新紅主教（自選主教未獲教宗承認而遭絕罰，2018年獲方濟各教宗寬赦）晉牧典禮，而不見容於愛國會。2009年時邢主教還接任佘山修院長，只是愛國會的杯葛下2011年邢失蹤請辭。
2012年馬達欽神父被任命接任上海輔理主教，就在7月7日晉牧大典（金魯賢主教主禮）上，馬達欽表示，自己是上海教區的輔理主教，將不再擔任愛國會的任何職務（馬原任愛國會常務委員）。但此後就同外界失去聯繫，他一直被軟禁在佘山修院內。到了2013年金魯賢助理主教過世，接著2014年上海正權主教范忠良也蒙召。在教廷萬民福音部秘書長萬大輝總主教請中共當局釋放馬達欽，好讓他接任上海正權主教。然而，他的輔理主教一直在2012年7月即被一團一會給撤銷，教宗雖認可他出任上海主教，但是他仍遭到政府限制行動，一直到2016年9月他再度加入愛國會，2017年1月20日增補為愛國會教務委員會委員與常委，並開始參與彌撒（但是他並未被愛國會稱為主教，只稱他為馬神父）。
馬達欽主教的任命是獲得教宗所認可的，但他晉牧發言馬上遭愛國會杯葛，並且撤銷其主教職務，接著能夠影響地上與地下教會的老主教金魯賢在2013年病歿，自此上海主教懸空了十年。沈斌從海門主教突然轉任上海主教，愛國會顯然不願意再出現邢文之與馬達欽的情況，所以不顧教廷的反應，也不遵守主教任命臨時協議，中國明顯想藉此牢牢掌控上海教區的主導權。
