近來，立法院正在審議相關組織改造法案，對於新設三級機關，將推動部份首長包括經濟部的產業發展署、能源署、中小及新創企業署，還有交通部觀光署等三級機關改為常務與政務雙軌制，亦即相關署長除常任文官外，未來亦可進行政治任命，故而引發各界爭議與反彈。在野黨無論是國民黨亦或民眾黨皆大力反對。事實上民進黨政府執政以來，以彈性用人，專業取才之名，致力擴大政治任命職務範圍，包括過去想要透過修正《中央行政機關組織基準法》，推動三級機關首長有一定比例得採雙軌制以及《聘約人員人事條例草案》，提出雙軌進用人等，然皆因爭議過大予以擱置，而今又再次討論雙軌制，此次問題爭點與過去差異不大，只是民進黨政府又過了幾年的實務對照，讓各界對於政府用人取才方式更加多了一份不信任感。
就支持雙軌制的論點來說，理想上，引進民間專才擔任首長，可避免人事過度僵化，活化人才進用管道，增加用人彈性，可提高政府決策的專業性與實務性，同時將創新思維導入三級機關，跟上時代腳步，期望藉之幫助提升政府效能，來有效解決問題。
就反對論點來說，雙軌制代表部份實施雙軌制的三級機關首長採政務職，將減少高階文官職缺，進而減少高階文官升遷機會。從人才訓練面向而言，也代表著我國高階文官將失去在這些職位歷練的機會，而影響後續拔擢更高階政務人才之培養，倘不易升遷，易斲傷文官士氣。
且每逢選舉或內閣更替，三級機關政務首長動輒換人，甚至連底下人事也會隨之更動，新首長及相關人員上下都對政策不熟悉對法規體系不夠瞭解，對政務銜接尚需有適應期。而且強化機關職位的政治派任色彩，易淪為「政治酬庸與分贓」。
事實上，過去幾年民進黨執政因為任用自己人來行事，亦有諸多不良案例，有些非以專才派任，有些為了用人不惜破壞文官體制，例如駐美代表政治組組長、發言人、機要等等都有黑官的批評，而在行事方面，甚至即使是獨立機關的首長，包括中選會主委、NCC主委皆有行政不中立的諸多爭議。
近來尚有健保署署長同一人短時間內政務、常務雙軌變換，破壞文官體制之批評。過去健保署署長皆以政務職任用的理由，乃是考量其預算規模龐大，且涉及健保政策擬定，影響民眾生活甚鉅，為確保相關政策推動符合民眾需求，而機關首長亦可以為政策成敗負責，其組織法明定首長政務任用，而今短時間在同一人身上實施政務、常任雙軌制，不但引發破壞文官體制聲浪，也讓人對於政府在用人方式質疑，令人喪失行政中立的信心。
彈性用人制度，人事鬆綁，向來是政府人力資源方面從過去以來的一項努力方向之一，在有些先進國家成效良好，然而許多良好制度在台灣卻常出現水土不服現象，尤其台灣的政治選舉文化，往往影響許多政府人事的變動，無法真正的專業取才。從過去幾年實務看來，當專業取才，成為彈性用人的藉口時，伴隨而來的，反而更多任用私人，人事酬庸，造成更多的是責任不明確，人民對政府用人的不信任，公務員士氣遭受打擊，政府效能不一定能獲得提升，文官體制遭受破壞，行政中立淪為口號。
再者，《中央行政機關組織基準法》第18條規定，「..三級機關首長除性質特殊且法律有規定得列政務職務外，其餘應為常務職務…」其性質特殊為不確定法律概念，其新的相關三級機關採雙軌制，其標準為何？是否可受公評？實質朝野更進一步討論。
總之，彈性用人制度原本立意良好，但理想跟實際總是有很大的落差，問題還是出在執行的人以及心態，尤其在台灣如此選舉至上的政治文化環境，為減少負面效果，雙軌制的相關標準規定與監督方式也應更明確，方能釋疑。
＊作者為國家政策研究基金會副研究員
