2013年發生「九月政爭」，前檢察總長黃世銘和總統馬英九報告立法院長王金平關說案，立院向特偵組所屬最高檢察署調閱關說案偵查卷證時，遭黃世銘拒絕並聲請大法官解釋。司法院大法官會議今（1）日做成〈釋字第729號解釋〉，立法院不得調閱偵查中案卷，若想調閱已偵結案卷，也需符合立法院院會同意等「四大條件」。這項釋憲案也是對第325號釋憲案的補充。
現任檢察總長顏大和回應表示：「尊重大法官的解釋，立法院日後若提出，只要符合大法官釋字第729號的限定要件，檢察機關會配合。」他認為，今天大法官解釋與當時最高檢察署見解一致，立法院向檢方調卷，必須符合一定的前提與要件。
立法院可申請調閱 與監察院不衝突
另一項是偵查卷證由於監察院或立法院調查問題，最高檢當初聲請釋憲的理由是「檢察官對外獨立行使職權，應受《憲法》保障，偵查卷證為犯罪偵查不公開事項，非立法院得調閱之範圍；縱偵查終結，若檢察官有違法、不當情事，亦應由監察院調查。」〈釋字第729 號解釋〉則指出「立法院行使文件調閱權，與監察院監察權之功能目的有別，無侵犯監察院調查權之問題，有關機關不得拒絕調閱。」與最高檢的看法略有不同。
2013年九月政爭，立法院司法及法制委員會成立監聽調閱專案小組，向最高檢察署調閱「100年特他61號」相關卷證，當時遭特偵組拒絕。黃世銘以檢察機關本於行使偵查職權而與立法院調閱文件發生適用《憲法》爭議，報請法務部層轉行政院，聲請釋憲。今天做出的〈釋字第729號〉明確規範立法院的調閱權，解釋文指出，對於偵查中案件，基於權力分立與制衡原則，立法院不得向檢察機關調閱卷證。至於偵結不起訴處分確定或簽結案件，大法官設下四道門檻，包括調閱需經立法院院會決議、調閱目的和範圍是為了特定議案、與行使憲法職權有重大關聯、法律未禁止者，就可調閱。
釋憲文指出，立法院與監察院職權不同，各有所司。立法院的文件調閱權，以調閱文件所得資訊作為行使立法職權資料；監察院調查權，是行使彈劾、糾舉、糾正等監察職權手段，二者性質、功能及目的有別，立法院行使文件調閱權，沒有侵犯監察院調查權的問題，檢察機關不得執此拒絕調閱。
