大巨蛋調查報告出爐，廉政委員調查報告指出，除監察院對市府提出的39項違失外，經廉委調查發現，前市長馬英九任內之甄審、議約及簽約階段，涉及明顯違法圖利廠商，及廠商不當關說影響委員而有甄審不公的情形，報告公佈10大爭議，其中前5項如下：
爭議一》920馬趙密會後 權利金變0元
依據《促參法》及公告申請須知規定，大巨蛋案應有「權利金」，但調查發現，營運權利金經過2004年9月20日馬英九、趙藤雄密會後，於同年9月23日會議上，時任主任委員的財政局長李述德表示，經過馬英九與趙藤雄會面協商後，定為0元，明顯圖利遠雄。
最詭異的是，在第1次到第8次會議時，北市府議約小組的立場都是堅定要收權利金的，當時遠雄也認同，且依法，本案並沒有無權利金的空間，但3天後的9月23日會議上，依照錄音逐字稿，李述德卻說「我們就按照9月20號協商的結論…因為這是重大議題，所以特別由遠雄趙董事長跟市長親自見面，做一些溝通後，大家有共識」，又說「府裡的高層認為乾脆這個部分（權利金）就不提，他不提，我們也不要求，回到都審的程序處理」。
據查，在此BOT案中，政府方面並非0出資，除了拿A12地交換外，還需多付143億元，而遠雄在變更協力廠商後，利益暴增355億，可賺進1169億，市府也為此投入了248億元，但馬卻仍同意讓權利金變為零，形同遠雄盈利賺得的收入，市府都分不到，報告指「馬英九、李述德2人圖利遠雄使其獲取暴利之情形事證明確。」
爭議二》反客為主：商辦不必填補巨蛋營運虧損
按市府公告之「興建營運契約（草案）」，當中明文規定「附屬事業收入應填補公共建設之虧損，但附屬事業虧損時，不得以大巨蛋營運收入填補。」然查，最終所簽之契約書，明顯將上開條件刪除，使附屬事業原是為了支持大巨蛋之公共事業的目的完全改變，報告解釋，此舉形同反客為主，以圖利財團為目的、錯亂BOT之精神。
爭議三》市府放棄「接管權」 損重大公益
依據《促參法》53條規定，市府有「強制接管權」，發生在「公共建設之興建、營運如有施工進度嚴重落後、工程品質重違失… …損害重大公共利益或造成緊急危難之虞，中央目的事業主管機關得令民間機構停止興建或營運之一部或全部」等，此外，於必要時，得強制接管營運，然而，馬市府在議約時，將接管權刪除，重大減損市府權益及公共利益。
爭議四》市府同意遠雄可以轉讓、出租巨蛋資產
依據《促參法》51條有明確規定，「民間機構依投資契約取得之權利… …經主辦機關同意者外，不得轉讓、出租、設定負擔或為民事執行標的… …非經主管機關同意，不得轉讓、出租或設定負擔」。
但市府公告之「興建營運契約草案」相關條文，改為「乙方取得之營運資產… …得出租，不影響期滿移轉下，附條件予以轉讓」。廉委調查報告認為，此舉損害市府權益，讓遠雄得以「轉讓、出租」營運資產，圖利財團甚明。
爭議五》920馬趙密會後 遠雄可蓋「商務住宅」
大巨蛋相關計畫在公告時，土地使用分區上，並無「住宅」的用途，甄審委員在第2次甄審會議上，多人質疑遠雄規畫附屬事業當商務住宅使用的合法性。而市府在與遠雄的2004年9月23日上的會議，李述德說「簽約之後，乙方（遠雄）就有權做後續都市計畫變更的事情，所以我們這裡等於當作一個協助事項… …就按照9月20日的結論」，而920正是趙藤雄與馬英九密會的時間。
報告指920密會前，議約小組都不敢做成同意協助遠雄都市計畫變更申請，但920密會後，馬英九承諾協助遠雄進行都市計畫變更的申請，後為了避免外界質疑，要求遠雄分2階段處理此要求。
