然而另一方面，隨著《動員戡亂時期臨時條款》廢止而啟動各種相關法律、機關的改變、言論和思想禁忌的解除，不論是基於歷史因素，還是基於社會價值觀和中國的差異，臺灣本土意識不可避免地日益抬頭，意識到需要和中國即使不是保持對立也要保持距離，並且想和中國人有清楚區分的臺灣人身分認同的人，也不可避免地越來越多。所以，從這個臨時條款的廢止開始，注定繼續以「統一」為目標的國民黨在臺灣會日益背離主流民意，越漂越遠。
看政大選舉研究中心所做的「臺灣人／中國人認同趨勢調查」，30年的消長一目瞭然。
1992年，也就是民國81年，認同自己是臺灣人的比率是16.7％；認同自己是中國人的是25.5％；認同自己是臺灣人也是中國人的是46.4％。合起來看，接受自己中國人身分的，佔了71.9％。接受自己臺灣人身分的，是63.1％。
但接下來，三種認同比率的消長對比，越來越明顯。到今年2023年6月，認同自己是臺灣人的比率達到62.8％；認同自己是中國人的降到2.5％；認同自己是臺灣人也是中國人的，則是30.5％。合起來，接受自己是臺灣人身分的，佔了93.3％，接受自己是中國人身分的，是33％。
但是許多國民黨人及其支持者，卻站上了另一端。
在馬英九的努力之下
在1990年國統會成立的時候，馬英九是國統會研究委員，想必對其後提出的《國統綱領》的擬定參與很多。
眼看國統會和《國統綱領》都在民進黨陳水扁任上廢止，臺灣主流的國家認同意識又和他當年參與設計的方向越來越遠，以他為代表的許多國民黨人感受到的衝擊和焦慮可以想見。
2000年第一次政黨輪替，國民黨交出政權，當時擔任陸委會主委的蘇起在卸任前提出「九二共識」的說法。蘇起之所以要在距1992年8年之後才提出「九二共識」的說法，很可能就是在參與《國統綱領》設計的國民黨人眼見政權輪替，又預見在民進黨主政下《國統綱領》可能被廢止的風險，而提出不同名稱的論述。這樣，等將來即使有《國統綱領》被廢止的一天（六年後也的確發生），他們仍然有一個對兩岸關係的論述，和對岸來往的依據。這可以說是國民黨另類版的「《國統綱領》」。
而馬英九在2008年當選總統後，想要從施政上實踐這個論述，力挽狂瀾。
馬英九當選總統後，不顧如果再多一些談判可以為臺灣爭取到更好的條件，就立即大開兩岸三通；2009年就提出ＥＣＦＡ（《海峽兩岸經濟合作架構協議》）並在次年與對岸簽約；2013年在拚經濟屢不見效之下，企圖把臺灣經濟和中國緊密結合，簽下《服貿協議》；同年啟動自經區並企圖開放中資進入；2015年甚至準備開放中國紫光集團來臺灣「買下台積電、合併聯發科」。
