然而雙方這種友好的關係並沒有維持太久，因為反宗教改革的緣故，教宗開始給猶太人施加諸多限制。1533年，教宗儒略三世下令焚燒義大利境內所有的猶太經典──《塔木德》，理由是《塔木德》的內容褻瀆了基督教。1557年7月14日起，教宗保祿四世強迫猶太人晚上不得離開猶太居住區。到了十六世紀末，義大利大部分城市都設有這種猶太隔離區，晚上通常都會被鎖起來。為了說服和要求猶太人能安分的留在隔離區內，統治者給他們的交換條件是允許他們在隔離區內蓋猶太教堂，但經過大流散（自西元135年開始）洗禮的猶太人早就因為居住環境的不同而轉變成為好幾個不同類型族群，最常見的有──阿什肯納茲猶太人（Ashkenazi Jews）與塞法迪猶太人（Sephardi Jews），另外還有較為稀少、長居於地中海東岸（涵括今日的希臘、土耳其、敘利亞、黎巴嫩、以色列與埃及……等地）的黎凡特猶太人（Levant Jews）等，他們有自己的語言、文化，甚至所信奉的猶太教教義也都有很大的差異，因此在隔離區內的猶太教堂就不能只有一座。而不同族群的猶太人，也必須學習如何能彼此友好的相處，如何生活在一起。
拿破崙解放歐洲猶太人
拿破崙掌權後，法國國民議會宣布廢除了舊有法律對於猶太人的限制，在1791年9月21日解放了法國猶太人，之後隨拿破崙軍隊的四處征戰，歐洲各地的猶太人也陸續被宣布解放（走出隔都），不過這期間許多地區，比如仍處於分裂的德意志地區（當時各地仍有許多諸侯）對於猶太人仍然是歧視與壓迫的，面對這種壓迫狀態，居住在德意志各邦國的猶太人反而選擇自我孤立，他們寧願關在自己的小圈子裡，和歐洲主流文化分庭抗禮，最後變成對外界的發展漠不關心。這對剛歷經「啟蒙運動（The enlightenment，表示啟發的行為、開悟的狀態，從這個概念很容易理解啟蒙運動就是一場思想解放）」的歐洲人來說，他們越來越懷疑猶太人的「權利身份」，認為離群索居的猶太人並非自由、平等和博愛的對象，他們只是寄居歐洲的「外鄉人」，於是對猶太人的歧視更加嚴重，他們甚至主張將猶太人排除出歐洲文化圈。
為了扭轉這種局面，一些接受了啟蒙主義薰陶的猶太精英認為猶太人如果再這樣堅持孤立，便會使得整個猶太人偏離「歷史發展的潮流」，進而陷入萬劫不復的境地。於是猶太族群的自救行動啟動了，包括詩人海涅、銀行家羅斯柴爾德，以及哲學家摩西‧孟德爾松（Moses Mendelssohn，1729～1786），全都投入了解放猶太人的運動。這個關乎這猶太人未來命運、被稱為：「哈斯卡拉」的思想解放運動，就以德意志地區為中心，正式啟動了。這些人的目標有三個：首先，讓猶太群體主動加入啟蒙進程；其次，使猶太社群更好地融入歐洲社會；最後，改革猶太教，增加世俗內容，宣傳希伯來文化。而在諸多的「哈斯卡拉」精英當中，尤以居住在德意志的摩西‧孟德爾松對猶太社會的改造最為成功。
