蕭美琴的爭議就更荒謬，她的爭議不在有沒有放棄美國籍，而在是否「回復中華民國籍」？後者的爭議竟還是起於她多年前放棄美國籍、取得中華民國籍的「艱辛自述」，照蕭美琴的說法，她二０００年放棄美國籍，AIT認定她會成為「無國籍人」（因為她只有華僑護照），不讓她放棄，直到二００二年成為「僑選立委」，才正式放棄美國籍，取得中華民國籍。這也才有她的中華民國籍是否「回復」而得？而根據正副總統選罷法，外國人、大陸人士、歸化或「回復」國籍者，俱不得登記為候選人。
歸化？回復？或自始擁有國籍？內政部釋疑
蕭美琴的母親是美國人，父親蕭清芬却是不折不扣的台灣人，她自出生就有父母親的國籍，這個無庸置疑，蕭美琴生在日本，却長在台灣，從南師附小到後甲國中，還考上台南女中後才出國；出國十數載後返台，從未成年到成年，除非蕭父當年放棄國籍，或不具中華民國籍，蕭美琴的雷達範圍肯定沒有「放棄中華民國籍」這件事。
民進黨聲稱蕭父具有中華民國籍，這可能正是蕭美琴國籍身份的唯一爭點：蕭清芬自小即被基督徒夫婦收養（根據蕭美琴憶父文），蕭父出生於一九三五年（當時屬日本國籍），被收養時若還在日據時期，則國籍是否很早或從來就不是中華民國籍？一九四五年抗戰勝利，台灣回到中華民國治下，蕭父是「因為國府通報台籍人士（包括旅外）自動轉換為中華民國籍」？還是因收養而維持美國籍？但蕭父赴美取得博士學位後，又返台傳教很長一段時間，當時的國籍是中華民國？還是美國？根據蕭美琴出示當年考上南女的新聞標題「華裔美籍蕭美琴 高分考上省南女」，蕭美琴在台時期是美國籍？還是無戶籍「國民」？若是前者，那她的國籍可能還是有歸化或回復的爭議，而不論何者，於副總統候選人資格都是有問題的。
上述問題，或許蕭美琴一個都答不出來！能為她解惑的，不是外交部，而是內政部。台灣國籍和戶籍管理，比我們想像的嚴謹也麻煩，壞處是，要取得中華民國籍，讓蕭美琴跑斷腿，好處是，話講清楚不難─檔案資料都在（包括日據時期的收養資料）；蕭美琴的心態和姿態都沒問題，就看內政部能不能為她及為國人釋疑了。（註：根據旅美學人劉昭男回憶，蕭清芬曾在一九七０年代返台，並服國民兵役，當時《中央日報》和《聯合報》用〈普林斯頓神學院博士火頭軍〉報導此事，「全島轟動」；那麼服過兵役的蕭清芬擁有中華民國籍應無疑義，蕭美琴出生即有中華民國籍，應該也不是問題了。）
