了解到情況的嚴重性，高耀潔決定公開揭發真相。她說：「我是個醫生，個人的職責是引起更多人對愛滋病的關注，竭盡全力將這場災難下降到最低程度。」為了調查艾滋病疫情，救助艾滋病受難者與艾滋孤兒，她不僅耗盡上百萬家產，也讓自己成為官方重點監控與打擊對象。她的人身自由越來越受到控制，電話被監聽，出門被跟梢。當她到農村探訪愛滋病患者時，常常受到來自地方政府的阻力。他們常以維護地方形象或保護國家機密為藉口驅逐她，甚至鼓勵轄區內的農民舉報她——向政府報告高耀潔行蹤的農民可獲得五百元人民幣報酬。得知有錢可賺，而且比賣血賺到的錢更多，很多農民不顧高耀潔是一位前來幫助他們的醫生，爭先恐後向當局舉報。
最初，在河南之外的地方，高耀潔得到官方一定程度的肯定和支持。比如，她被中國教育部評為「關心下一代先進個人」，被中央電視台評為「二零零三年感動中國十大年度人物」之一，她編著的《一萬封信》獲得由《新京報》和《南方都市報》聯合舉辦的首屆「華語傳媒圖書大獎」的「二零零四年度圖書大獎」。但是，隨著她的揭發日漸尖銳和全面，乃至點名批評主政河南的封疆大吏，她在中國政府眼中從幫助解決問題的人變成了國家的敵人。
高耀潔在接受外媒訪問時指出，中國艾滋病的禍源是「血漿經濟」，不是河南一個省，全國都有，河南是重災區，一九八零年代末一九九零年代初，在河南省的一些地區就出現了。後來有「艾滋廳長」之稱的劉全喜一九九二年擔任河南省衛生廳廳長後大力推動，使河南農民賣血成為風潮。特別是由於一九九二年至一九九八年主政河南的李長春嚴重瀆職和慫恿，賣血成為河南農民的一種「產業」，幾年時間，河南遍地血站，僅合法的血站就多達兩百三十多家，不合法的不計其數，導致艾滋病毒大面積擴散。當年血站多的地方，就是如今艾滋病疫情嚴重的地區。經過五至八年的潛伏期，一九九八年至二零零四年間，李克強繼李長春主政河南期間，大批艾滋病毒感染者相繼發病並死亡。艾滋病的流行與蔓延，毀滅的不僅是患者個人，還殃及無數家庭。大批青壯勞動力的死亡，甚至導致一些村莊乃至成片村莊凋敝，滿目瘡痍。高耀潔說：「如果說省衛生廳廳長劉全喜是禍首，那麼李長春等則是導致這場血禍的罪魁。這種人為大災難，前所未有。然而，造成這場血禍的責任人，至今沒有一個受到追究，也沒有一句道歉的話。」李長春很快升任政治局常委，且主管意識形態和宣傳口，大權在握，將高耀潔當做眼中釘，高耀潔的「防艾」工作日漸困難。
高耀潔曾獲吳儀和李克強等高官接見，向其咨詢防治艾滋病的對策。一開始，她天真地對「黨內改革派」抱有期望，認為他們此前被手下人欺瞞，在獲知真相後會切實處理此問題。但她再度失望了，並發出「仁者之怒，天使之怒」。她指出，二零零四年，官方開始承認艾滋病疫情的存在，河南向三十八個「艾滋病村」派去醫療組。但除這三十八個村子外，還有大量艾滋病患者沒有得到應有救助。其他省份更是沒有。河南開始登記艾滋病人材料，發病的人每個月給兩百元，沒有發病的人每個月給一百五十元，但有一個條件，傳染原因那欄得填「性傳播」或是「商業傳播」，不能寫「血液傳播」。由於官員隱瞞疫情、極力掩蔽其前任的斑斑劣跡，並對舉報者和上訪者進行打擊，使得疫情沒有得到及時遏制，反而持續惡化。
