憲宗、武宗：東廠、西廠、內行廠壓倒錦衣衛
憲宗晚年廠掉西廠，但武宗朱厚照正德元年（1505年）恢復設立。武宗特別寵幸以劉瑾為首的八名太監，時稱「八虎」，其中谷大用掌西廠，丘聚掌東廠，繼續荼毒官民，兩廠爭相用事，爪牙刺探四方，而錦衣衛也曲意阿附，有「廠衛合一」之勢。而且大太監劉瑾覺得這樣不夠，又成立了一個「內行廠」，連東西廠都要受它偵查監控。
內行廠對獲罪官員極苛，「罪無輕重皆決杖（用大木杖打屁股）」，囚犯一旦發配邊疆，脖子上要戴數十公斤重的「枷」，體弱者可能數天幾死。劉瑾慘遭凌遲（寸磔）處死之後，西廠、內行廠俱廢，但東廠屹立不搖。
明世宗朱厚熜（嘉靖，1521年－1567年）盡撤天下鎮守太監，但明朝的大臣認為東廠是「祖宗所設，不可廢」。不過對宦官駕馭甚嚴，錦衣衛指揮使陸炳權勢薰天，東廠不敢太過恣肆。明神宗朱翊鈞萬曆（1572年－1620年）初年，大太監馮保以司禮監兼領東廠，又新設「內廠」，但當時的錦衣衛仍能發揮一些制衡的作用，馮保在東廠的繼任者如張誠、孫暹、陳矩都算奉公守法，當時盛稱「刑罰用稀，廠衛獄中至生青草」。
天啟年間魏忠賢當道 東廠毒流天下
然而好景不常，明熹宗朱由校天啟年間（1620年－1627年），明朝干政太監首惡魏忠賢以司禮監秉筆太監提督東廠，錦衣衛頭目田爾耕、許顯純甘心當走狗，以酷刑虐鉗中外，廠衛合一，毒流天下，東林六君子、東林七賢盡皆慘死，明朝內外土崩魚爛，亡國只是時間問題。
明思宗朱由檢崇禎元年（1627年）即位，勵精圖治，魏忠賢畏罪自殺，但東廠與提督太監仍然深受重用、大權在握，錦衣衛仍然橫行京師。崇禎十七年（1644年）三月十八日（陽曆4月24日）李自成攻陷北京，一說開彰義門迎敵的正是東廠提督曹化淳，但曹化淳本人後來極力辯誣。無論如何，可以確定的是，東廠與明朝同歸於盡。
