立法院召開公聽會，政府官員重申以承租當時價格採計出售地價
在那時，多位不分黨籍的立法委員也曾於立法院內召開公聽會，批評經濟部的違法作為。民進黨籍林岱樺委員於2012年10月25日提出「政府誠信破產 根留台灣幻滅」新聞稿，其標題為「呼籲經濟部秉持契約精神 提供廠商以承租時地價轉承購工業區土地」。新聞稿中指陳，「隨著台灣經濟發展，許多工業區優質廠商陸續在台站穩腳步，『006688』方案為台灣經濟建立優良體質，也創造了數十萬的就業機會，許多過去受惠於『006688方案』的廠商希望能買下廠房及土地，作為根留台灣長久發展之用，當初與工業區簽訂的合約也載明『土地售價按原核准承租並簽訂租賃契約時之售價為基準審定之』，卻面臨工業局反悔要以目前市價為標準來審定廠商由承租轉承購的價格，此價格標準一改，將對工業區廠商帶來數十億的損失，嚴重打擊企業體質，引起廠商極大的反彈。…臨海工業區鼎基化工負責人林勳臺證明當初政府是以『廠商可依原租約議定的售價由租轉購給廠商』作為宣傳招徠廠商。」
會發生這樣的爭議乃是因為經濟部在2009年全文修正了《工業區土地或建築物租售辦法》，其第13條第2項雖有「應以申請承租當時之土地或建築物價額，作為出售價額」之但書規定，但該條第3項卻又規定，「前項但書之出售價額，如因土地用途經核准變更規劃、經濟景氣變動或附近地價變動之情事，致顯不合理而有酌予調整之必要時，中央工業主管機關應重行審定。」二者完全不同。該《工業區土地或建築物租售辦法》雖於2010年被廢止，但接續的《產業園區土地建築物與設施使用收益及處分辦法》第23條則是大抵延續了前述第13條的內容（除了將「應」改為「得」），而2012年的爭議就是因為經濟部欲引用該辦法第23條第3項來重新審定土地出售價額所致。
但是這與當初雙方所簽訂的契約內容不一致，在龐大的批評聲浪之下，經濟部遂改弦更張，根據《大紀元》於2012年12月27日「彰濱工業區由租轉買 採原承租價」之報導，其部分內容為「原本彰濱工業區內採『006688』土地租金優惠方案，但面臨政府重新審議地價的打算，引發許多廠商憂心地價大漲而吃不消，26日立法委員王惠美邀請經濟部次長杜紫軍舉行公開說明會。杜紫軍會中宣布，未來工業區廠商打算由承租轉承購時，將以當時承租價格採計，不影響廠商權益。」即杜紫軍尊重當初雙方所簽訂的契約內容，也採納《產業園區土地建築物與設施使用收益及處分辦法》第23條第2項的但書規定，依然是「以申請承租當時之土地或建築物價額，作為出售價額」，而不是該條第3項「重行審定」地價，此舉符合原先契約的內容，也因此讓很多相信政府的廠商受惠。
