為了讓非法工廠合法化，經濟部提出的解決方案竟是「就地合法」，而且，其中牽涉到112個特定農業區的變更；對此，農委會竟也無能亦無力拒絕，農委會主委陳保基在立法院說出：「我當然覺得無奈啊！」經濟部此舉形同毀壞台灣農業，應懸崖勒馬、立即停止。
所謂特定農業區是指優良的農地，經濟部的作法是要先把特定農業區降級變更為一般農業區，然後再變更為丁種工廠用地，讓這些非法工廠變成合法工廠。雖然變更程序有幾道現場勘驗與審查關卡，實際上未必全部可通過，但政府開了這道門就是不對了，而且引來後患無窮。
在審查標準中的第一關，是現場勘驗當地是否失去作為優良農地的特定農業區之資格？某方面而言，這其實形成一種變相鼓勵非法工廠污染農地的機制；原本的非法工廠污染周圍農地越嚴重，越是讓其失去作為特定農業區的資格，結果是更容易通過變更使用。
而一旦有一家非法工廠通過合法化，對附近其它優良農地而言，很可能是一場持續的環境災難。這些設立在農地中的非法工廠，大部份都是技術、加工層次不高、資本低─甚至是「土法煉鋼型」的工廠。這些工廠沒有太多環保觀念，也不會投資在環保上，污染物質─不論是黑煙、污水、重金屬、色劑、重油……，大概就是往周遭農地排出去。
結果不言可喻，一次變更合法化，被毀壞、損失的不僅是被變更的優良農地而已，未來周遭農地大概也不再是優良農地了。幾年後，經濟部是否要再來一次特定農業區變更，把更多的優良農地降級，甚至變為工廠用地？長此下去，台灣的優良農地，還能剩下多少？
而會有今日要為非法工廠尋找合法化出路之壓力，也可以說是從中央到地方政府的嚴重失職，長期放任的結果，讓全台存在著6萬多家的非法工廠。這種情況其實相當適用於「破窗理論」，當有一、兩家非法工廠出現在農地時，政府放任不管，結果就是越來越多非法工廠出現，終而非法工廠多到無法取締、除去的地步。
再換個角度看，當遍布全台各地的大小工業區猶有不少空地，卻有如此多的非法工廠在蠶食優良農地，這其實是國家資源雙重的損失與浪費。經濟部該作的事，不是「輔導」讓這些農業區中的非法工廠就地合法，而是輔導他們到工業區中設廠生產。如果這些非法工廠無法承擔進入工業區設廠的成本、無法符合工業區要求的環保、排放標準，這種工廠其實根本不該存在。因為，其外部成本未內化，它只是把其該負擔的成本轉嫁由社會負擔。這種工廠，有不如無！
當然，陳保基那番「我當然覺得無奈啊！」的話，聽了也讓人「難過」。同為內閣部會，農委會竟然如何無能抗拒經濟部的要求、壓力嗎？難道農委會的自我定位角色，也萎縮到與農業占GDP的比例一樣─只剩下1.7%了嗎？希望農委會能堅持立場，不必屈服在非法業者的壓力下，更不必看經濟部臉色行事；而經濟部，想想破窗理論，想清楚利弊得失，別縱容非法業者而毀壞台灣農業。
