調查權行使時限，民進黨團主張最遲應於該屆立委任期屆滿終止，但二讀條文規定，調查委員會及專案小組應在會期中成立，行使調查權及調閱權的時間不在此限，而議案調查完畢提出報告及處理意見後，委員會或專案小組才解散，或於該屆立委任期屆滿時自動解散；成員組成方面，調查委員會依黨團席次推派，專案小組則由委員會推派。而召集委員部分，民進黨團主張設2名召委，但據二讀條文，調查委員會及專案小組僅設1名召委，並由所屬成員互選。
對比民進黨團將國會調查權限縮於機關、機構，據21日二讀條文規定，國會調查權行使範圍涵括政府機關、部隊、法人、團體或社會有關人士，需在5天內提供相關資料，若資料已經司法或監察機關先調取，應敘明理由並提供複本，行使調查權時也得詢問相關人員並命其出席證言，但應在5天前通知，被調閱的文件則應派專人送達立法院，由立法院專人保管。
據21日二讀條文，國會行使調查權時若要進行詢問，需有3分之1以上委員出席，且須出以懇切態度，不得有強暴、脅迫或強迫證人為不利己的供述，詢問前應令受調者宣誓並告知其有權拒絕證言，而受調者若認為委員逾越職權範圍或侵害法定個人隱私等，應陳明理由，經會議主席裁示後得拒絕證言或交付資料。
不過，直至午夜前，攸關國會調查權的調查報告、處理意見效力等相關條文，及在藍白共提再修正動議中，與國會調查權相輔相成的聽證會，今日均未及處理，預計將在24日院會二讀；國民黨團書記長洪孟楷21日受訪時預告，若國會改革修正法案無法在今天三讀通過，將在24、28日院會繼續審議。
公部門不配合調查 藍白移送監察院、綠最高罰30萬
而依據21日二讀條文，若政府機關或公務人員於調閱資料時拒絕、拖延或隱匿不提供，得經院會決議移送監察院提出糾正、糾舉或彈劾；而法人、民團或社會有關人員於調閱資料時拒絕、拖延或隱匿不提供，同樣得經院會決議處1萬至10萬元罰鍰，並得按次處罰至改正為止，若不服者得於處分書送達次日起2個月內，向立法院所在地的行政法院提起行政訴訟。
特別的是，民進黨團再修正動議雖未經二讀通過，但民進黨團版本提及，機關或機構在國會行使調查權時，若無正當理由不得拒絕、拖延、隱匿不提供或拒絕出席調查公聽會表達意見時，可提報院會決議處1萬至30萬罰鍰，並得按次連續處罰；而民進黨團再修正動議，未明文規定公部門若不服的救濟方式。
正副總統彈劾、緊急命令追認 院會採記名表決
有關正副總統彈劾案，民進黨團再修正動議主張維持現行法規，院會審查後應以無記名投票表決，如經全體立委3分之2以上贊成，可向司法院大法官提出彈劾案；但依據21日二讀條文，未來全院委員會審查後，提出院會表決時應採記名投票，如經全體立委3分之2以上決議，將向司法院大法官提出彈劾案。
