依照三讀條文，國會行使調查權時，若要進行詢問，須出以懇切態度，不得有強暴、脅迫或強迫證人為不利己的供述，且詢問前應令受調者宣誓並告知其有權拒絕證言，受調者若認為委員逾越職權範圍或侵害法定個人隱私等，陳明理由後經主席裁示，得拒絕證言或交付資料；而聽證會上，若出現涉及國安、國防及外交等國家機密事項、受法律明定保護的個人隱私或其他秘密，或依《行政訴訟法》規定得拒絕證言的事項，出席人員得拒絕證言或表達意見。
不僅如此，儘管三讀通過的《立法院職權行使法》修正條文，多由藍白共提的再修正動議主導，但在野陣營似乎有意將民進黨團再修正動議當作煞車皮；據三讀通過的第46條之2條，立法院行使調查權，不得逾越調查目的、事項與範圍，並應尊重其他國家機關受《憲法》保障獨立行使的職權、行政首長就特定機密決定不予公開的行政特權，及裁判確定前的訴訟和未確定的訴願案件，或其他依法應獨立行使職權的機關處理中的案件，立法院均不得行使調查權。
接受國會聽證調查，請律師要先徵得同意？
根據三讀條文，未來接受國會調查詢問的人員，或是受邀出席聽證會的政府人員、社會有關人士，若要協同律師或相關專業人員到場，應經主席同意且需於必要時；而三讀條文明定，調查委員會及調查專案小組均僅設1名召集委員，並由所屬成員互選。對此，民進黨立委鍾佳濱質疑，要請律師還需經過主席同意，恐有侵犯人權之虞，民進黨立委陳瑩則砲轟，未來若接受調查或出席聽證會的相關人士，需要請翻譯人員協助，都還要經主席同意，根本是無限擴權。
然而，民眾黨團總召黃國昌日前澄清，前述條文是參照現行訴訟法規，會議主席即為審判長，當事人可以協同律師到場，但證人沒有協同律師到場的權利；國民黨團首席副書記長林思銘則說明，接受國會調查詢問或受邀出席聽證會的相關人士，未必等同被告或犯罪嫌疑人，而證人依法無論是接受偵訊或出庭，一定都是自行照親身見聞回答問題，不可能有律師幫忙代答；法務部政務次長徐錫祥也說，證人委請律師協同的權利，現行法規確實沒有這樣的設計。
院會決議可處罰鍰，藐視國會入法人人自危？
引爆朝野論戰的藐視國會罪，依照三讀條文，被質詢者答覆若超過質詢範圍、反質詢，或未經同意即缺席詢答，且經主席制止仍違反者，可處2萬至20萬元罰鍰，並移送彈劾或懲戒，逾期不改正者得按次連續課處罰鍰；而詢答或在聽證會證言時，政府機關或公務人員若有虛偽陳述，經院會決議得課處1至10萬元罰鍰，並移送彈劾或懲戒，且將依法追訴相關人士的刑事責任。
