對於總統國情報告常態化、依序即時回答，柯建銘等綠委痛批違憲，質疑違反權力分立的憲政原則，並與現行行政院長赴立法院備質詢的憲政體制扞格；不過，依照《憲法增修條文》第4條第3項規定，「立法院於每年集會時，得聽取總統國情報告。」究竟國情報告能否常態化、立委在國情報告後能否對總統進行問答？或許有賴於民進黨團未來聲請的釋憲案，由大法官憲判一錘定音。
強化國會人事同意權，恐侵犯行政任命權？
至於強化人事同意權，前屆行政院曾提出書面報告，憂慮若增訂相關機關被提名人財產、稅務、刑案紀錄表等相關資料應送交立法院的規定，恐涉及個人隱私揭露，而被提名人受審查時有虛偽不實陳述還會予以裁罰，恐應再審慎斟酌是否符合憲法比例原則，及法律明確性原則，避免影響後續人才擔任的意願；不過，在野陣營似乎對相關建議不以為意，未因行政院報告而改變立場。
依照三讀通過條文，未來立法院在對司法院、考試院、監察院正副院長、大法官、考試委員、監察委員、審計長，及其他法定人事案行使同意權審查時，審查過程不得少於1個月，並應在審查期間邀集學者專家、民團及社會公正人士舉行公聽會；且提名機關應在提名7天內送交被提名人的學經歷、最高學歷學位論文、財產、稅務，及刑案紀錄表等審查所需其他資料，給立法院參考。
國會改革5大重點外，哪些條文也通過三讀？
事實上，除了前述國會聽證調查權、藐視國會及反質詢罰則、總統國情報告程序、強化人事同意權，三讀通過的《立法院職權行使法》修正條文，還包括未來立法院在提出正副總統彈劾案、追認總統頒布的緊急命令，及行使人事同意權時，在院會表決均從現行的不記名投票，改為採行記名投票表決。
除此之外，儘管三讀通過的《立法院職權行使法》修正條文，多由國民黨及民眾黨團共同提出的再修正動議主導，但仍有10條修正條文照民進黨團再修正動議通過；據三讀通過的第22、23條修正條文，未來行政院長或相關部會首長，若就立委提問有未及答覆的部分，需在10天內以書面答覆，最多得延長5天；而書面質詢部分，則需在15天內以書面答覆，最多得延長10天。
照民進黨團再修正動議通過三讀的《立法院職權行使法》第26、28條修正條文則規定，未來各部會首長因故請假不能出席院會備質詢時，非政務官的部會副首長不得上發言台備詢，必要時僅得提供資料由行政院長答覆；而行政院或審計部在詢答時未及答覆部分，應在15天內以書面答覆，最多得延長10天。
此外，照民進黨團再修正動議三讀通過的《立法院職權行使法》第57條修正條文明定，未來立法院舉行公聽會時，對應邀出席人員酌發出席費；而三讀修正通過的《立法院職權行使法》第74條之1條則規定，未來得逕付二讀的法律案或其他議案，應交付黨團協商，並由提案立委或所屬黨團負責召集。
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