不過，對於科技偵查的立法途徑，法務部意見則與民進黨立委吳思瑤雷同；吳思瑤今日上午於質詢時表示，過去已有刑事程序特別法，對有關刑事訴訟事項另行規定的立法模式，如《通訊保障及監察法》、《國民法官法》等，由於《刑事訴訟法》跨院際，修法期程較為緩慢，但科技偵查日新月異需要迅速因應修正，而特別法能較快依實務需求修法，因此具特殊性的科技偵查，應從偵查機關需求角度，設計完整法律體系，訂定專法有助於建立專屬的法律體系架構。
司法院提37頁修法建議 黃國昌要行政機關做功課
值得注意的是，司法院雖在書面意見中言明支持訂定專法，還稱若將專法條文改列於《刑事訴訟法》中，需重新檢視條文是否與現有法條重疊或衝突，並需同步考量後續如刑責、民事賠償及相關行政管制等，將科技偵查規範於《刑事訴訟法》中，未必相符我國法律體系；但在進入逐條審查階段時，司法院秘書長吳三龍突然主動提出37頁的條文對照表，稱司法院仍是《刑事訴訟法》主責機關，因此需負責任的對朝野立委提案修法給出建議。
儘管朝野立委在剛進入逐條審查時，曾表明細緻討論將留待黨團協商時進行，多數條文也確實如預期未有實質討論就迅速保留交付協商，但黃國昌、吳宗憲與民進黨立委沈發惠、陳俊宇、沈伯洋等立委，仍對部分條文就教於吳三龍、司法院刑事廳長李釱任及法務部常務次長黃謀信；黃國昌也在結束前提醒，法務部與刑事警察局回去要做功課，他很擔心有些內容等到黨團協商時再提出，相關單位的資料會不齊全，尤其是對《通保法》第11條之1條的條文修正案。
至於今日初審完竣的《刑事訴訟法》部分條文修正案，預計將在何時先召開委員會內的朝野協商？吳宗憲接受媒體訪問時回應「要再看一下時間」，由於下周事情目前很多，預估可能在2周後，他輪值召委時再安排可以協商的時間，而後再交由韓國瑜併同「科技偵查及保障法」草案召集朝野黨團協商。
