對台灣而言，兩岸關係的走向在賴清德520就職後，尤其是「兩國互不隸屬」論出現在其演說之中，陷入了更為緊縮的局面，不只有ECFA方面的經濟制裁，還有海警與解放軍聯合的軍事「圍台」，在國際上就台灣問題的政治博弈更是不勝枚舉。《意見》的出爐，等於是對台再加上司法管轄的手段，與其在國際上的統一法律戰形成「組合拳」。
不具名的兩岸資深分析人士向《風傳媒》解讀，在他看來，《意見》至少代表了以下4大涵義：
一、針對日益複雜化的台灣問題，將懲治台獨納入大陸國家治理體制的司法部門，用行使司法管轄權強勢宣示台灣是中國領土主權不可分割的一部分，搞台獨是分裂國家、觸犯刑法的犯罪行為，解決台灣問題、完成國家統一是外力不得干涉的中國內政。
二、向冥頑的台獨當局和干預兩岸統一的外力，乃至廣大的台灣同胞適時展現維護領土主權的堅定意志和堅強的決心。
三、依託強大的能力，在堅持完成國家統一的進程上，以「新時代黨解決台灣問題的總體方略」為指導，提出對「死硬派」台獨具有威懾作用，體現戰略主動性和主導性的政策舉措，為推動和平統一創造有利條件。
四、打擊制壓台獨的氣勢，影響安於兩岸現狀的台灣人意識，鼓舞激勵統派的愛國人士。
北京將如何在《意見》的基礎上，跨出「懲治台獨」的第一步，固然尚不得而知。但無論如何，這份醞釀已久的「司法反獨」《意見》，確實將台海問題的發展態勢，推進了一個全新的境界。
