其一、是專業人力不足
南院在籌備期間，其人力經行政院專案核可，在當時撙節人力的政治現實中，南院的公務員職缺 （當時擬定為八十員） 可說是異軍突起，不過當時亦有但書，凡公務員供職於南院者未滿三年不得請調，這是為確保人力無虞所做的設計，本就無可厚非，儘管在籌備處期間就曾發生高考及格的公務員寧願放棄公職身份也要離職的情事，但當時的公務員士氣相當蓬勃，甚至出現凌晨兩點還有公務員在南院工地監工的情事，在公務員的志向選擇中，南院還曾經掄元。但自正式營運迭經政權的轉移之後，由於任用非相關的公務員而導致院務每況愈下，獨佔鰲頭的地位一路下滑至三十名之外，許多公務員只要有機會便會選擇掛冠而去，當中確實不乏俊秀之士，如今的南院其公務員當然也不可能滿編，更有論者揶揄南院僅需安管科即可，其他處科單位均能裁撤。
其二、志工嚴重不足
這點與第一點也有因果關係，主因在於南院自從大小姐上台之後只講究政治正確，過去所累積的志工能量自然也就點滴流失，再者南院行管科對於志工的態度一貫的輕蔑，所任用的公務員均無法與志工同心，最近就有一樁公案可供參考，其案情是南院志工業務承辦人對於志工參加志工大會、春酒晚會的出席及表演時數斤斤計較，三次出席及演出竟然只以八小時作結，換言之，彩排及準備時間皆不列入志工時數計算，這些志工所累積的志工時數可能都已經破萬了，對於區區八小時根本毫不在意，令其感到寒心的是南院的態度，說是鳥肚雞腸還真的一點都不為過。不過這種現象存在已久，過去還曾出現南院在春酒晚會上提供給志工的禮品竟然是已經過期的月曆，也曾出現過去在春酒晚會上提供給志工的禮品竟是轉手的禮品，也曾出現南院明令志工不得參加其他文化單位的記者會等等，追根究底，這只能說是主官的問題導致上行下效，因此也有志工說換承辦不如換主官。理論上一座國際級的博物館應該有制度完善的志工服務制度，但南院草創至今，本來有卻成了已經沒有，至於網路上經常將北院與南院做對照，則往往也犯了以管窺豹的謬誤。
北院確實有其地利之便，長久以來它的志工不虞匱乏。然而，就南院而言，一則因為地理關係 —— 南院儘管距離嘉義高鐵站不算太遠，且兩者之間也有接駁公車往來，近年還增加了台糖五分車的選項 （雖然筆者認為此種設置並未達到預期目標） ，但比起繁華的台北市，南院有著先天上的弱勢，這本來就是非戰之罪，因為南院之所以位於嘉義縣有其均衡南北的考量，再者交通因素本就不該是決定一座博物館與否的關鍵，若以交通因素論，則英國境內許多的博物館概不及格，例如著名的坦克博物館 （The Bovington Tank Museum） 距離倫敦2.5小時的火車 （非高鐵） 車程，且其接駁並不方便 （位於鄉間，公車班次相當疏落，遠不能與南院的狀況相比） ，如果按照某些人的邏輯，則這座博物館的命運恐怕也不太樂觀，另外一個更極端的案例是中國秦皇島上的三聯書店海邊公益圖書館，該座圖書館向來有世界最孤獨的圖書館稱號，三聯書店海邊公益圖書館儘管位處孤獨，但其彰顯的獨特魅力卻吸引著無數人前往領略它的寧靜質樸，該座圖書館也造就了一處空靈詩意的閱讀場域。
