基本上新稅制是針對明年起取得房產者出售時適用的制度，明年以前取得者，除了103與104年取得者在兩年內出售適用新制外，就完全無關。但是，一旦新舊雙軌併存，比較與副作用就在所難免，也因此可能導致後續的幾種衝擊。
首先，新制度是以實際獲利金額做為稅基，舊制在有具體證據時可採實際獲利計算稅基，但也可以依據房屋評定現值乘上「財政部每年公告財產交易所得標準」(例如台北市非豪宅為42%)，且都累計納入綜合所得稅課徵。在交易有利得時，納稅義務人當然就會計算採取新制與舊制分別的應納稅額高低，是否新制的應納稅額一定比舊制高，明年五月報稅時才會見真章。
如果交易出現虧損時，依新制是免納所得稅，但依舊制，特別是未採實際獲利計算者，仍須繳納設算後之所得稅。顯然，虧損時免納稅是對的，要納稅的舊制勢必遭受挑戰。亦即，倒底新制便宜還是舊制便宜，明年五月確實會面對第一次挑戰，但較大的挑戰應該是2017年5月，因為明年的所得屆時才要申報。
另一項類似的比較性問題是有關土地增值稅的繳納。依現制，土地增值稅並未採實際獲利課徵的方式，而是以政府發布的公告土地現值計算稅負，且公告現值呈現一路調升趨勢。一旦房地價走跌，交易發生虧損者，在現制下仍須繳納土地增值稅，但可能無需繳交不動產交易所得稅。亦即，在一項交易行為中，政府的不同稅制對交易利得將出現完全相反的認定結果，衝突將因此而生。且因為日出條款設定為2016年1月，對近幾年買在高點而後續出售可能出現虧損者，將會發生前述兩種衝突現象，屆時是否會造成重新設定日出時間，或一次性的將新舊雙軌做整併，看來是未來難以避免的課題。
第三項問題是發生在財政部真的課到不動產交易所得稅之後的地方向中央搶稅問題。舉例來說，若一間房屋元取得成本1000萬，後以1500萬賣出，獲利500萬為總稅基。如果買入當年與賣出年的公告土地現值差額為200萬，這部分屬於課徵土地增值稅的稅基，剩下的300萬(亦即500萬-200萬)則為不動產所得稅的稅基，納入所得稅課徵。地方政府會想，為何要留300萬稅基讓中央去課稅，不如將公告土地現值調得更高，多留一些稅基給自己課稅。這狀況一旦發生，若再加上新舊制度必須逐漸整併的調整，土增稅制度與公告土地現值長期估價不合理的問題將陸續浮上檯面。
這些問題未來是否真的會發生，或者還會有哪些其他副作用可能併發，我不敢斷言。我認為這是稅制改革最重要的價值其實是「實價課稅」，大家一直宣稱的「房地合一」實際上未必那麼重要。也就是說，在以實際價格與獲利計算稅基的正確合理制度下，舊制以毫無邏輯的人為公式決定獲利金額方式，將如同妖怪被照妖鏡照到後而現形，無論是舊制或公告土地現值，未來都將面對「實價」的嚴峻挑戰，「實價課稅」也將成為後續稅改的共同原則。
