乾隆帝的普世主義多半奠基在，將藏蒙與最後的東突厥斯坦相連繫的複雜宗教與政治理想之上；在乾隆時期，西藏是個特別的意識形態來源，同時也受到帝國勢力的戰略性干預。早期的清帝通常滿足於接見喇嘛，舉行適當的儀式，並讓自己成為成吉思汗與忽必烈的世俗繼承者，但對乾隆帝來說，這遠遠不夠―他要將首都北京打造成喇嘛教的精神首都。一個規模浩大的計畫就此啟動，不僅要將藏文《大藏經》譯成蒙文與滿文，還委派蒙古與滿洲學者為經文編寫注釋。
在與皇室關係緊密的各個寺廟中，皆有藏傳佛教的身影，最知名的當屬乾隆帝的出生地「雍和宮」；在十八世紀末、十九世紀初，有數百名藏、蒙與滿洲僧侶居住於此，傳授黃帽派教義。北京負責任命蒙古地區的最高宗教領袖，先遴選出達賴喇嘛，然後保留其行政職掌，就連熱河的避暑山莊中，也複製了一座拉薩的達賴喇嘛住所布達拉宮。
在清朝治下，西藏作為帝國成員十分微妙，更像是一種觀念、一套信仰習俗，抑或是一種語言，卻幾乎在歷史文獻中付之闕如。近因是沒有藏人的旗人（除非他們入籍蒙古），但更大的可能性在於，準噶爾與東突厥斯坦在乾隆一朝始終動盪不安，而其政治與軍事混亂多半肇因於西藏。乾隆曾下令編纂東突厥斯坦（新疆）的征服史，但朝廷似乎並不樂見當中出現「平定」西藏的計畫。在乾隆朝廷看來，此時期清軍占據西藏的事實只不過是征服東突厥斯坦、青海與西蒙古這段更宏大歷史的注腳。而對乾隆帝來說，重要之處在於努爾哈赤與他的第一批藏人喇嘛相遇後所發生的事情：只要獲得西藏，統治者就等於獲得超自然的援助，同時也獲得統御「蒙古」的正當性。乾隆帝所看重的，是成為「覺者」與提升普世統治者的俗世使命的途徑，這並不代表在戰略考量中，清廷能忽視西藏貴族或僧侶的政治影響力有多大，也不意味清廷會虔誠地將「西藏」的宗教與意識形態利益，與其在蒙古、青海與準噶爾的政治用途看成兩回事。到了十七世紀末，清廷早已體認到這些可能性，並認為西藏意識形態可為軍事干預敞開大門，從而保護大清利益，防範華南獨立勢力的發展、蒙古勢力的復甦，以及俄羅斯對蒙古與中亞的干預。
一六五二年，第五世達賴喇嘛前往北京覲見順治帝，之後兩人的關係得以制度化，從此理藩院成為達賴喇嘛的事務機構，協助其在蒙古與青海東部擔任精神領袖與某些世俗事務裁決者的角色。達賴喇嘛逐漸受制於清廷的監視與規範，在順治朝末年的一六六一年，理藩院已經開始監督達賴喇嘛的遴選。但畢竟拉薩與北京山水迢遙，當時不僅中國的局勢尚不穩定，更別說蒙古與中亞了。吳三桂甫一獨立隨即發起對帝國的戰爭，年輕的康熙帝立刻被點醒：吳三桂立即試圖沿著康藏―雲南一線，與拉薩定期通商，以換取西藏的支持，並向達賴喇嘛求援；而當達賴喇嘛的回應貌似不支持清朝鎮壓吳三桂時，清廷在說服察哈爾臣民與喀爾喀盟友時，就立刻遭遇瓶頸。
