三藩亂平之後，與西藏僧侶的關係雖然得到修復，但康熙帝依舊時時警惕，擔心西藏與準噶爾或其他衛拉特群體之間的戰略合作。一六六○年代初期，喀爾喀蒙古在黃帽派領袖大喇嘛哲布尊丹巴的調停之下，決定與清朝結盟共抗羅曼諾夫俄羅斯。然而，清廷在一六八○年代試圖促成喀爾喀與衛拉特之間和平的努力，遭遇西藏攝政桑結嘉措所阻礙；其私下與噶爾丹結盟，並隱匿達賴喇嘛的死訊（喀爾喀可汗正等待消息）。是故康熙帝擊敗噶爾丹後，立刻將目標轉向拉薩。在大清的授意之下，西藏貴族於一七○五年罷免桑結嘉措，重振拉藏汗的政治權力，拉藏汗遂成為西藏最後一位世俗國王。策妄阿拉布坦繼噶爾丹之後領導衛拉特，其於一七一七年入侵拉薩，廢黜拉藏汗；清朝隨即介入，於一七一八年占領拉薩，並冊封第七世達賴喇嘛，不過清朝首次嘗試占領西藏未能長久，策妄阿拉布坦摧毀了拉薩的大清駐軍。
一七二○年，青海與四川的清軍收復拉薩，並建立永久性的八旗駐軍，與察哈爾的情況類似，貴族的行政權遭理藩院大臣剝奪，這些大臣基本上負責向皇帝通報政治情報。國王遭廢，西藏從此失去世俗的政治獨立性。一七五七年，準噶爾最終於蒙古敗北，西藏的戰略緊急局勢得以緩解。藉由提升並擴大班禪喇嘛的地位，清朝強化了對西藏象徵性的控制。為與日益強大的清朝保持交好，第五世達賴喇嘛遣使前往盛京與北京，並在一六五一年親自造訪北京，其為第一個承認班禪喇嘛轉世為達賴喇嘛老師的人。一七○○年後，西藏陷入長期動盪，只有少數達賴喇嘛的壽命超越師長，在第五與第十二世之間，只有一位超過二十三歲，而第十一世達賴喇嘛的死因亦極為可疑。最終，班禪喇嘛成為達賴喇嘛的實際攝政，並受乾隆朝廷承認，為大部分西藏的世俗領袖與佛教世界的精神領袖，地位超過達賴喇嘛。
清廷與西藏僧侶的神祕聯繫的背後，實際上是西藏的社會實體，其於清代文獻中付之闕如，只在《皇清職貢圖》（以下將討論）與理藩院中草草現身。文官、達賴喇嘛轉世（十八世紀清治西藏之前）與地方僧侶（占總人口的兩成）皆由以農為本的西藏貴族所把持，清軍總督亦未阻撓其壟斷土地權與商業特權；清朝唯一一次試圖剝奪重要的貴族特權，是經抽籤選擇達賴喇嘛的「金瓶掣籤」，貴族起先對此毫無興致，直到認為自己能從中謀利。
此外，王權遭廢後，達賴喇嘛被承認是大部分西藏（班禪喇嘛在拉達克的根據地除外）的世俗與精神領袖，並獲准在西藏與青海徵稅；達賴喇嘛的稅收未曾間斷，即使十九世紀初拉薩的清駐軍破產，不得不向達賴與班禪喇嘛借款以供軍餉。西藏貴族仍能維持自己的外交政策，直到一八五○年代的軍事衝突之前，都十分歡迎與尼泊爾的貿易。此後，隨著英國東印度公司把手伸進西藏，讓拉薩的既得經濟與政治勢力坐立難安；一七一七年準噶爾的入侵導致隔年首都遭清軍攻占，一七九○年代廓爾喀（Gurkha）的入侵，則導致清朝對西藏的最大規模入侵，並強迫貴族接受「金瓶掣籤」，往事歷歷在目，他們憂心英國的闖入會引發清朝另一場大規模的軍事占領。一九○五年，這件事確實發生了。清朝的反應之快令西藏與英國人同感震驚，但對於即將覆滅的帝國而言，這樣的效率終究只是徒勞。
