「六四」天安門事件後，劉源知道這會影響仕途，他就想換一個環境，調離河南。據我所知，當時曾經三次傳出他將去任職的地方：一次是北京市副市長，二次是海南省副省長，三次是重慶市(國家計劃單列城市）市長。這三次傳出的職位級別相同，但重要性卻逐次下降，說明他仕途受阻，結果傳說皆未成真。中共元老與劉源家關係匪淺，劉少奇夫人王光美尚在，劉源仕途受挫，幾經波折，這說明中共對「六四」事件同情者任何人都不放過，官場大忌。
在萬般無奈的情況之下，王光美帶著劉源去拜訪國家主席兼軍委第一副主席楊尚昆，言談中提及劉源仕途困境，楊尚昆考慮一下後說：「那就到部隊來吧！」中共是「槍桿裏出政權」，所以中共官場僅有軍隊人事比較特殊，不受黨政干擾影響。於是在1992年5月，劉源被任命為武警水電指揮部第二政委兼指揮部副主任，授予少將軍銜，參加長江三峽水電工程建設。離開河南時，他沒有聲張，僅去新鄉市七里營鄉劉莊村告別，不少河南人還是趕到鄭州火車站為他送行。
劉源調入武警水電指揮部後，埋頭勤奮工作，逐漸地走出仕途受挫的陰影，累受上級領導的加獎與表彰。1998年他昇任武警部隊副政委，2000年被授予中將軍銜。2003年他昇任中國人民解放軍軍事科學院政委，2009年被授予上將軍銜，2010年12月又昇任總後勤部政委。
當時軍隊腐敗既嚴重又普遍，「賣官鬻爵、倒賣軍火，貪污軍產、私用侵吞公款、亂吃回扣」等等隨處可見。別特是開國大將陳庚之子陳知建少將也被索賄買官，未果，陳少將被迫退休賦閒。劉源對此非常憤怒痛恨，他與總後勤部長廖錫龍上將聯名以部黨委名義舉報谷俊山副部長貪腐大案，並在2011年12月25日舉行的軍委擴大會議上展示了巨大豪華谷俊山將府照片，矛頭直指谷俊山背後的軍委領導人徐才厚、郭伯雄和梁光烈，石破天驚！
中央在胡錦濤總書記和溫家寶總理主持之下，力排眾議，堅決加以查處，在2012年2月免去了俊谷山副部長之職。隨後半年時間內，劉源四次遭遇軍內暗殺，僥倖未果，僅被燒傷，可見谷俊山背後勢力之大。2012年11月中共十八大召開後，習近平上台，劉源力諫其反腐，不僅查處了谷俊山，而且拿下了兩位軍委副主席徐才厚、郭伯雄。
中共十八大前後是黨內爭鬥最亂最激烈的時候，前有薄熙來案、令計劃案和周永康案，然後才因谷俊山案牽扯出徐才厚和郭伯雄。現在來看，這些人都是江澤民、曾慶紅的人馬，這些人個個都能夠翻天覆地，反而敗給了勢力弱小的胡錦濤、溫家寶和習近平，這不覺得奇怪嗎？有人說是胡錦濤力保習近平上位，這話表面上來看沒有錯，實則並不然。力保習近平上位的，恰恰是江澤民、曾慶紅，而非胡錦濤。因為江、曾錯選了習近平為接班人，並且為這個錯誤犧牲了薄熙來、令計劃、周永康和徐才厚、郭伯雄等人，才演出了如此詭異的歷史場面，令人深思與玩味！倘若不是這樣，那麼習近平根本就上不了台，那麼就沒有這十幾年他的胡作非為亂折騰，徐才厚、郭伯雄、周永康、薄熙來、令計劃等人也不會落得如此悲慘的下埸了。
