中科院在明年度的機密預算中，共有近二十五案，逾半數與統包、轉包案有關。中科院近兩年資源大增，逐步開發國內外商機，對於是否涉及國防預算被稀釋，審計部正進行專案調查中。
巡防艦外銷案未經董事會討論
中科院是在二○一四年一月十日，透過立法轉型為行政法人，要當產業升級火車頭與擴大國防產業大餅。但是國防部在執行上是否形成預算與資源大幅灌水，以及自行選商空間過大等問題引發關注。
國防部官員解釋，中科院本來就是系統整合商的角色，研發案獲軍種委制，再透過技轉國內廠商，建立起自己的供應鏈，並無所謂的統包、分包問題。
至於工業合作（工合）方式，有尋求經濟部工業局合作的民間管道，國防工合則分為軍種後勤維修以及技轉中科院。官員稱，此舉是為避免零件送回美國成本過高、維修期過長，並將維修能量保留在國內。
中科院近期引發關注的案子包括：九月底海事展展示一四○○噸新一代輕型巡防艦設計概念，即屬「外銷型」規畫。
這項輕型巡防艦可採單船體或雙船體設計，配備旋轉式相列防空雷達，以及八枚雄二反艦飛彈、十六枚海劍二中短程防空飛彈、反潛魚雷以及近迫防衛等武器系統。此艦可以執行空、海、水下多目標任務，三度空間作戰能力相當強。
在設計上，輕型巡防艦與瑞典等歐洲國家在亞洲強力行銷、俗稱「水上坦克」的巡防艦相當。由於吃水不深，雷達距離只有七、八十公里，主要做為風平浪靜的海灣使用。據指出，已有國家表達強烈興趣和接觸。
中科院即使已經轉型為行政法人，仍受到美國與中國嚴密緊盯，要出口軍火有如天方夜譚。如果能夠爭取包含戰鬥系統的全艦出口，將是成立以來的重大轉型。
但是這項構想與全艦外銷政策，並未提交中科院董事會討論，部分董事還是在參觀海事展時，才首度得知有此設計。
國防專家透露，中科院擬改以系統件為單位，拆散成立分公司或授權民間合作，以「分進合擊」方式，改走商售管道，先由艦體再提升至作戰系統，才不易受到國際政治干擾。
至於這樣的輕型巡防艦目標市場究竟在哪裡？業者認為，可以鎖定中東以及菲律賓、泰國、印度等有海灣的國家。
F-16廠級維修中心遭疑貍貓換太子
軍火外銷最怕單打獨鬥，必須聘用目標市場的律師、會計師與退休官員，組成在地團隊長期蹲點，掌握法律、匯率與政府運作眉角，才能有所突破。
但是知情人士稱，當初中科院研發的「紅隼」反裝甲火箭，一開始也是宣稱要外銷，結果在立委以「不對稱戰力」為名大力推動下，最後「出口轉內銷」。
目前輕型巡防艦出口商機未明，並未列入海軍十年造艦計畫，同樣已有立委敲邊鼓，建議國防部應評估納入此一造艦計畫。只是輕型戰艦似乎不適合台灣海域，僅能用在基隆港到龜山島等近岸使用。對於這項「插隊」案件，讓官員十分頭大。
除了主動提出，也有在中科院不知情下被硬塞進來的案子。國防部原本規畫F-16A/B型戰機升級為F-16V型的鳳展專案，近一三○○億元新台幣經費，獲得對美工合點數約八億美元點，原本要使用其中的五千萬美元點，建置F-16廠級維修中心（ＳＳＣ），沒想到卻被用三個步驟給「貍貓換太子」。
