比較兩者，最直接的差異即為抽樣方法的差異。財政部簡報上的目的明確寫著「以大數據分析方法，直接運用母體資料，以得到更全面的結果，並分析過去調查未能進行之項目，作為政府決策參考。」宣告財政部運用更全面的母體資料及大數據分析彌補過去調查的缺失，彷彿狠狠打了主計處多年所做的統計結果一巴掌。
在統計學中，「母體」即為研究者有興趣的研究對象，不過由於數量過於龐大或抽樣取得不易，研究者通常會抽取其中一部分作為「樣本」，以蒐集而來的樣本資訊推估母體資訊，因此抽樣樣本越具代表性，所推估的母體資訊將越準確。若以統計台灣人平均薪資所得為例，2300萬人即為母體，過去統計通常是從其中抽出幾千人或幾萬人填寫自身薪資作為樣本，用以推估整體，而財政部的大數據分析方法則是直接統計報稅資料，等同於直接蒐集所有報稅國民，也就是「母體」的所得。
「母體資料是一個不得了的龐大資料庫！」專精於勞動市場研究的台大社會系教授柯志哲表示，他對於財政部「採母體統計」的說法存疑，由於報稅資料真的非常龐大，分析起來絕對是大工程，像過去主計處抽樣資料能抽10萬筆都已經很不得了了，但他也說假如真是直接就納稅資料統計，那準確性一定相較其他調查高，在準確度上「無可比擬」。
統計方法不一樣 「難以拿來比較」
對此，行政院主計處科長郭燕玲認為「兩邊相輔相成嘛！」她指出，主計處及財政部的分析對象及薪資定義皆不同，無法拿來比較，不過由於主計處的調查是每月進行，較具時效性，可與財政部調查相輔相成。
郭燕玲表示，主計處調查是以工商普查的統計對象為母體，調查對象為工業及服務業的民營企業，並不涵蓋農林漁牧業，且是按月向廠商發放問卷，了解廠商支付員工薪資的情況，由於是按月供廠商填寫人力及薪資，僅僅能呈現該月平均薪資，無法像財政部調查一樣清楚作出年齡層的薪資分布，而在薪資定義上主計處包含伙食費等免稅津貼、但不包含生育補助，財政部則是去除伙食費但包含生育補助等。
負責此項分析的財政資訊中心人員表示，財政部大數據的分析對象盡量調整至與主計處的統計對象一致，但在薪資定義上則有差異，像是主計處所做的調查中納入伙食費等津貼、財政部則不算。此外，對於抽樣方法，該人員表示原先財政部的薪資所得資料共有1700萬筆，對比勞動部全年投保紀錄後，剔除投保單位為政府的公家機構人員（包括約聘僱）、投保卻無薪資所得者、兼職者後得到484萬位受薪者，就此受薪者作分析，確實為母體資料。
