上世紀八十年代中後期臺灣進入民主轉型時期。1986年民主進步黨宣佈成立。1987年時任臺灣總統的蔣經國宣佈正式解除長達38年的戒嚴，隨之解除了黨禁、報禁，恢復人民的各種基本權利。這一年是臺灣由威權體制向民主體制轉型的重要轉捩點，此後，臺灣民主化進程繼續發展，1991年起陸續展開的國會全面改選、總統直選等，使得臺灣政治體制從「一黨專制」轉向多黨共存的「競爭性政黨體制」。
然而，臺灣民主轉型時期亦是國民黨由盛轉衰時期。1988年蔣經國去世，李登輝接任，導致了國民黨政權走向崩潰。
李登輝主政12年，國民黨內惡鬥不斷，最終走向分裂，新黨趙少康等人、親民黨宋楚瑜等人先後從國民黨內分裂出去。官員貪腐案頻發，先後有「尹清楓案」、「拉法葉案」、「鄭太吉案」、「新瑞都案」、「國安密帳案」等等。這一時期，官商勾結、中飽私囊的貪腐現象愈演愈烈。解嚴前，國民黨依靠強權政治，掌控著大量所謂合法的黨營產業和國營企業。解嚴後，在推動公營事業轉向民營化的過程中，一些國民黨高官與利益團體互相勾結，以權謀私，如 1999年「台肥案」就凸顯了公營事業民營化過程中官商勾結，不當獲利的現象。這一切使得國民黨形象大損、民心喪失，終在2000年臺灣第一次政黨輪替中落敗。
2000年臺灣實現了首次政黨輪替，當時廣大民眾對民進黨打擊貪腐、掃除黑金的決心有著高度期盼。陳水扁在就職典禮上公開宣誓會以「清流共治」來掃除黑金、保證清廉。然而，民進黨執政後無法擺脫國民黨時期官商勾結、權錢交易、奸商行賄、官員貪腐的巢臼。陳水扁一上臺就開始經營親綠的政商網路關係，商界各大集團亦主動與民進黨建立密切關係，紛紛採取「雙邊投注」的策略來確保自己的利益，因而形成新的政商結構態勢，貪腐較前更甚。
從連續披露出的民進黨貪腐弊案可以看出，民進黨執政時期較國民黨時期貪腐有過之而無不及，如2005年吳淑珍的「SOGO案」、總統府副秘書長陳哲男的「高捷案」、2006年陳水扁的「國務機要費案」、內政部政務次長顏萬進的「北投纜車BOT案」、交通部部長郭瑤琪的「臺北車站招商案」、2007年經濟部常務次長侯和雄的「八年八百億元治水案」、海基會副董事長張俊宏的「全民電通掏空案」等等重大弊案頻發不斷，凸顯民進黨的治理無方，吏治腐敗。陳水扁的政治聲譽一落千丈。遂有2006年9月民進黨前主席施明德發起百萬民眾反貪倒扁的「紅衫軍運動」，要求陳水扁應為國務機要費弊案以及其親信及家人相關的諸多弊案負責。
