促轉會自從「東廠事件」爆發，正副主委請辭後至今仍都懸缺。形成一個人事上的不穩定狀態，立法院司法及法制委員會10日審促轉會預算時，國民黨立法院黨團強力杯葛議事，不僅欲直接抽走代理主委楊翠座椅，更將官員列席桌翻倒，要求在促轉會全面改組前不得審查預算，並提出散會動議，最後會議僅進行約10多分鐘，主席就宣布散會。
此外前主委黃煌雄同日也發文表示，促轉會要浴火重生勢必要有堅定意志、決心以及付出代價的準備。當務之急就是找出具社會公信力的新主委，並賦予全權及時間組成新團隊，提出經得起現實政治及歷史長河檢驗的總結報告。
而在新團隊人選方面，黃煌雄建議，要以現行團隊成員同質性比重太高為戒，兼顧功能性和代表性，不宜偏頗，守住最基本的行政倫理。
前主委黃煌雄這番讜論，對於現在團隊成員同質性比重太高引以為憂，這應該是綠營以外的全民共識。而促轉會的相關組織法規當中，因並未明文規定正副主委出缺時，代理主委如何產生，因此由行政院比照NCC等獨立機關，從委員之中指定代理主委。在法制上這樣做確實可能有法源依據為何的爭議，藍營的抗爭確實並非無的放矢。
更嚴重的問題在於促轉會在兩波撤銷不當的白恐相關判決時，其權力已經超過司法機關，事實也在對國民黨實施某種形式意義上的審判。就如同日前飽受攻擊的代主委楊翠，在東廠事件發生後所曾指責國民黨那樣，她滿懷情緒地把國民黨說成是滿手血腥的魔鬼。所以按照以牙還牙的邏輯，國民黨當然現在在政治情勢有所轉變後，要給予楊翠迎頭痛擊，把稍早丟掉的場子給找回來。
現在促轉會的體制，如果把其實把中國國民黨當成歷史審判台上被告的話，這個審判台前顯然缺少國民黨一方的辯護人。即使是罪大惡極鐵證如山者如鄭捷，受審時也應該有辯護人為他辯護，這種ABC程度的法治原理，現在完全是被踐踏的。而成員反國民黨同質性極高的促轉會，自己又身兼這個政治言論平台上的法官兼檢察官，採取的是現代文明法治早已不採的糾問制。被告如何心服？
作為唯一被告的國民黨，審判台前沒有辯護人，僅由一方圍毆被告的糾問制，缺失極其明顯。這就表示促轉會有極大權力，可以一面倒地整治作為被告的國民黨，張天欽9月的失言就來自這種不受抗衡節制的權力濫用。另一面促轉會所支持的家屬單方發言，也在輿論上形成一種局部偏向受害者後人的發言，無以矯正。
例如在本月9日促轉會在景美人權園區，舉辦的第二波撤銷刑事有罪不當判決儀式上，犧牲者家屬藍明谷的女兒藍芸若，就堅稱藍明谷戰後之所以加入中共，是因為他「看到國民黨殘暴的屠殺無辜百姓，因而投向共產黨，希望共產黨來拯救台灣」。
