以目前仍有3萬8千家沒有臨時登記的違章工廠來計算，未來經濟部若修法放寬，全台將多出1萬多家踩在灰色地帶的「半合法化」農地工廠，屆時這些工廠排放的廢水、廢氣是否導致農地污染更進一步惡化，也成為問號。
官員：業者若知合法無望 自然會逐一消失
官員則解釋，未來要申請加入新制的業者，都還需要經過經濟部審核，確認非高污染產業、才能繼續在原地生產，並非全面開大門。他強調，新制表面上看起來是放寬，實則是對違章工廠設下諸多限制，如業者回饋金恐需改為一年一繳，也完全不得轉賣、不得擴產；此外，只要一被抓到違反工安或排放污染物，也擬不給任何改善期限，直接勒令停業。
「如果馬上讓7300家業者全都合法化，會衝擊現有的土地變更機制，要全部取締、也很難做到，」官員坦言，依各種現實條件，實務上只能以最低成本的方式列管違章工廠。至於日後退場機制，官員說，業者仍能依法變更土地使用分區、或是遷廠至合法地點，但預估也將有業者在預期未來無法擴廠或轉讓的狀況下，會自行退場、結束營業。
此外，官員也指出，明年起縣市政府將開始各自劃定國土計畫，屆時若違章工廠被劃在保護區內，則土地使用更難以變更，業者若知無望合法，自然會逐一消失。
環團：政府應提出積極輔導業者合法化的方案
面對政府對業者釋利多，環團則認為，政府依然沒有真正解決違章工廠最關鍵的土地問題，只是不斷延長業者怠惰期限。地球公民基金會研究員吳其融質疑，2010年《工輔法》第一次放寬，今年若又要納入更多違章工廠，是否代表8年後又將再退守、納入2024年前設立的工廠？「這只會讓廠商、政府持續怠惰。」
吳其融強調，目前領有臨時登記證的業者權益應受保障，政府就算要延長落日期限，也應該提出積極輔導業者合法化的方案，但目前卻只見放寬、未見輔導，「這讓我們滿害怕的。」
