為了「國家生技園區」未能如期完工，馬英九總統視察時公開表達「震驚與失望」。為此，「削」了中研院十分鐘，還當著中研院長翁啟惠的面說，「希望翁院長能確實督導，和施工單位把事情弄清楚，絕對不能再延後了。」中研院自一九二八年創院以來，翁啟惠成了第一位挨總統刮的院長，其情其景委實難堪。
胡適要「毀黨」， 蔣介石以「共匪」比之
翁啟惠不是第一個被總統罵的院長，史上第一位被痛罵的院長是胡適，不過，罵他的蔣介石即使被胡適氣到夜不能寐，也從未敢公開對胡適置一惡詞，只敢吞了安眠藥在日記裡一鞭一鞭抽，最有名的一次，當屬一九五八年四月，胡適就任院長，蔣介石在胡就職典禮上致詞盛讚胡適道德文章，期勉中研院「應」擔負起復興民族文化之艱钜任務。胡適不但不領情，隨後上臺還兩度指陳蔣介石（ 誇獎他的話）「是錯誤的」，並強調中研院應該「為學術而學術」。氣到蔣介石當晚睡不著覺，在日記上如此紀錄：
「今天實為我平生所遭遇的第二次最大的橫逆之來。第一次乃是民國十五年冬、十六年初在武漢受鮑爾廷宴會中之侮辱。而今天在中央研究院聽胡適就職典禮中之答拜的侮辱，亦可說是求全之毀，我不知其人之狂妄荒謬至此，真是一狂人。今後又增我一次交友不易之經驗。而我輕交過譽，待人過厚，反為人所輕侮，應切戒之。…」
對胡適自大陸時期就標榜自由人權憲法，蔣介石早有不滿，胡適在上海為新月出版《人權論集》，區區千言不過重點在「上帝我們尚且可以批評，何況國民黨與孫中山」，這本小冊子就被禁了，且傳聞紛云指國民黨上海市黨部決定「擒賊先擒王」，要以嚴峻手段整治胡適，胡看看苗頭不對，立刻辭別上海重返北平「整理國故」去了。
遷台後，迎回胡適主持中研院，蔣介石與胡適的緊張關係也未嘗稍解，蔣介石在日記中，對「政客以學者身份向政府投機要脅」耿耿於懷，在胡適與蔣經國見面後，聽聞蔣經國轉述他們的談話，蔣介石如此批評：
「以今日一般政客如胡適等無道義，無人格，只賣其『自由』『民主』的假名，以提高其地位，期達其私欲，對國家前途與事實概置不顧，令人悲歎……經兒婉報胡適與其談話經過，乃知其不僅狂妄，而且是愚劣成性，竟勸我要『毀黨救國』，此與共匪之目的如出一轍，不知其對我黨之仇恨甚於共匪之對我也。可恥。」（蔣介石日記，1958年5月30日）
蔣介石對胡適惡之痛之竟比之為「共匪」，在那個年代，可能一念成災，但終究蔣介石公開還是得裝出一個敬重學者的姿態，從未公開羞辱之。從這個角度看，馬英九真是太不給中研院面子了。
