前中央研究院院長翁啟惠雖在浩鼎貪汙案中獲判無罪，但一審宣判後，他緊接著就得面臨公務員懲戒委員會的究責。法院判決書裡詳細披露，他擔任院長後仍持續透過浩鼎生技公司董事長張念慈投資浩鼎獲利，加上不實申報財產、隱匿浩鼎持股，種種證物彷彿呼應監察院的彈劾內容，他能逃過懲戒命運嗎？
法官判決：修法前不能擴大處罰
翁啟惠二○○六年接任中研院長，之後中研院開始與浩鼎合作研究抗癌疫苗。檢方認為，張念慈為了取得中研院「酵素合成法」專屬授權及縮短生產醣分子製程，期約賄賂翁啟惠一千五百張股票（未遂）；之後張則用三千張股票行賄翁，還繞資海外，將股票登記在翁啟惠女兒翁郁琇名下。檢方將翁、張依兩個貪汙罪起訴。
不過，一八年十二月二十八日，士林地院合議庭給出第一個答案，當審判長李世華念出「翁啟惠、張念慈均無罪」時，台下響起如雷掌聲，到場的翁啟惠兄弟翁崇惠、翁英惠則哽咽感謝法官，呼籲檢方別再上訴。
合議庭認定，檢察官無法舉證張念慈曾表達行賄目的，從翁啟惠等人的往來電子郵件裡，也無法確定翁曾利用院長職權護航浩鼎。
此外，合議庭比對資金後也發現，翁啟惠曾透過張念慈持股浩鼎一千四百多張，在浩鼎股價飆漲之際，張念慈替翁出脫老股，認購三千張新股算是符合常理；而根據翁啟惠的金流也可以拼湊出他有補足股款，因此認定翁並未收賄。
合議庭在判決書裡解釋，如果行賄者給公務員好處是為了「建立友好關係」，而公務員沒有因此做出職務上的特定行為，即使違反《公務員服務法》、《公職人員利益衝突迴避法》或《公務員廉政倫理規範》等規定，也只能由行政主管機關依權責處理；換言之，這種（送好處打關係）的行為，在立法者沒有進一步修法的狀況下，不能擴大處罰。
法官的「合乎常理」，檢方卻感疑惑
「法官刻意在判決裡凸顯法令的缺陷，判無罪並不意外！」一名法官說道。士檢接獲判決書後將研議是否提起上訴。
有檢方人士私下說：「雖然早就做好吃敗仗的心理建設，但法院的理由實在讓人無法接受！」他分析，翁以每股三十一元的低價認購三千張浩鼎（每股近百元），幾乎是現買現賺三倍；翁的身價超過三億元，以他和張念慈的深厚交情，張不向老友開口，反而向潤泰集團總裁尹衍樑融資籌措三二一萬美元股款（約九千三百萬元新台幣），還大費周章地透過翁啟惠女兒戶頭從境外匯款，看起來是刻意製造資金斷點。
他也認為，翁啟惠在短短兩周內出脫千餘張浩鼎取得上億元，卻不償還融資，反而讓張代他賣掉當年以家庭基金購買的老股還錢，這些法官看起來符合常情的事，看在檢方眼裡卻十分啟人疑竇。他認為，檢方應上訴高院另闢戰場，屆時翁啟惠不見得能穩操勝券。
「正義雖到，名譽難復，希望就此畫下句點。」翁啟惠得知判決後再次強調沒有做「違法」或「不道德」的事，但他的爭議並沒有因為一審判決出爐而落幕。
翁啟惠緊接著必須面對監察院對他的失職指控。一七年七月，監察院調查後通過彈劾翁啟惠，並將他移送公懲會處分。
監院痛批，翁啟惠在院長任內督導訂定「中研院科技移轉利益衝突迴避原則」，自己卻帶頭違規，他不但購買民營公司股票，還協助業者無償取得中研院研究成果，並對外發表攸關民營公司重大利益的評論（針對解盲結果）。
翁啟惠關閉的第二戰場將重開
監院也認為，翁為掩飾和對方的利益關係謊稱沒買股票，已構成言行失當、違背誠信原則。
而翁為了專心面對刑案，暫時關閉第二戰場，因此向公懲會聲請停審。翁主張他已請辭院長，沒有審理急迫性，而法院審理過程有助釐清事實，為避免兩個機關認定有落差，希望在一審判決前停審，公懲會同意停審。
據悉，隨著一審判決出爐，公懲會最快過年後重啟審理，翁啟惠雖然暫時擺脫刑責，但不代表能在公務員懲戒案中順利下車。
