自2016年2月可查詢的公開紀錄到2018年10月為止，兩年多的時間內，對當前國內兩所行政法人美術館在籌備、設立、營運等不同階段，接引起社會輿論的檢討聲音，依照時間順序整理關於行政法人美術館爭議事件內容，以便分析其中涉及的議題，其所關聯的內容為何。(參見附錄，簡稱爭議事件簿)
「爭議事件簿」羅列三十五則相關報導與評論中，有六篇屬於高雄市美術館(簡稱高美館)，其餘均針對台南市美術館(以下簡稱南美館)展開。從時間軸觀察，「2015年中央宣布開放五個地方政府的行政法人名額後，鳴槍起跑，首先於今(2016)年6月初經文化部審查「原則同意」其三館法人化案，繼而於6月14日三讀通過《高雄市專業文化機構設置自治條例》，高市府宣布取得博物館法人化的全台第一場入場券。」。從建制順序上看，高美館自治條例較早完成，及至2017年7月1日，正式由行政機關轉型為專業行政法人場館，南美館在機構設置時間則稍早於高美館。高美館爭議事件持續約一年時間，及至其轉型確立行政程序之後，便沒有媒體輿論持續批評或評論了。
與高美館短暫的爭議形成強烈對比，南美館的爭議卻是陸續至今未歇。其原因可能包括，早在行政院頒布設立行政法人的政策之前，南美館已經有一段時間的籌備期，社會的關注時間自然較長，若期間的變化過於明顯，則讓社會的議論不斷追蹤。此外，集中在學界、藝術界的輿論力量，對南美館從籌備期對社會宣示的原初想像已然變調，轉而為對制度與人事的懷疑，促使評論和批評加重了音量。兩館的爭議為何出現不同的結果？是耐人尋味的事情，我們可以繼續探究其中的原因。
關於制度的爭議
最先引起社會關注的行政法人事件是高雄市立美術館等三館改制為行政法人機構，由高雄市議會舉辦的公聽會開始；集中在2016年6月至7月的藝術界針對高美館發起的聯署與評論，也有付諸行動的抗議行動。陳韋臻在一篇網路評論文章中描述：「公聽會隔天，藝術家姚瑞中旋即透過臉書公開呼籲：『台灣藝術界全面抵制高美館所有策展、參展、展覽、評審、典藏等工作，我率先退回典藏委員聘書，並謝絕所有高美館其他委任的評審委員工作。』」
這些抗議行動對高美館轉型為法人機構並未造成影響，而「三館一法人」的建置，也著重在高雄市調整行政機關的舉措，並未回應藝術界與學界對改制之後的諸多疑慮。「高雄市專業文化機構組織章程」第十七條明訂：「館長由監督機關提請董事會通過後聘任之」；第二條規定，監督機關為高雄市政府。由當時文化局長史哲升任副市長後兼任無給職董事長，李玉玲也續任高美館長的結果觀察，這種體制內無縫接軌式的調任，使得高雄三館在行政與人事方面沒有實質適應上的困難，僅需微調公務員體系轉任或轉型後的公、勞保年資接續等細節工作。
