臺灣地區自從第一次政黨輪替後，藍綠兩黨相互杯葛、紛爭不斷、各說各話、為反對而反對，使得臺灣政黨制度只具有民主之形，而無民主之實。臺灣政黨貪腐的最大制度漏洞存在於權力異化與不良政黨競爭體制中。其黨政體制的主要漏洞有二：
一方面，「改良式雙首長制」帶來的權力異化為政黨貪腐提供了空間。
1997年7月21日，由李登輝主導國民黨與民進黨合作修憲的第四次憲法增修條文，具有某些內閣制的特徵，也有某些總統制的特徵（這兩者的特徵分別表現為：立法院擁有對行政院院長之不信任投票權及總統被動解散立法院之權力即總統無權主動解散國會；而行政院院長則由總統任命，不須經立法院同意。）。因此「改良式雙首長制」從總統與立法院多數是否屬於同一政黨又可分為「偏向總統制的雙首長制」和「偏向內閣制的雙首長制」。政府體制的變化使臺灣地區的政治運作發生了變化，政黨輪替更直接影響著這種雙首長制政府體制結構的穩定性。經過數度修憲後，總統權力擴大，立法院職權提升，行政院職權相對縮小。這種權力結構的調整為藍綠兩黨的權力之爭和黑金政治提供了空間，讓利益集團能夠鎖定特定的物件進行利益交換，增加了行賄受賄和權力尋租的可能。
從臺灣政府「改良式雙首長制」的運行來看，不同時期不同黨派執政對行政立法關係有不同的影響。以首次政黨輪替後的情況為例，臺灣府院權力關係表現為「偏向總統制的雙首長制」（總統有權無責、行政院院長有責無權）。民進黨在立法院的席位屬於少數黨，陳水扁堅持以「全民總統」為訴求，組成「少數黨執政的政府」，強硬推行台獨路線，違反多數民意，導致立法院與行政院、總統府關係惡化，形成僵局。2004年至2008年，陳水扁再次執政期間，其雖非民進黨主席，但仍堅持少數政府對抗多數在野聯盟，臺灣地區呈現行政、立法分別由不同政黨掌控的「分治政府」（在政府體制中，行政首長與立法部門由同一政黨控制稱為「一致政府」，由不同政黨控制稱為「分治政府」。）狀態。陳水扁任總統期間大權獨攬，行政院院長有責無權，等同矮化為總統幕僚。在這樣的政黨體制下，陳水扁放任其夫人吳淑珍內線交易炒股票，繼而引出國務機要費案、SOGO禮券案等一系列貪汙弊案。然而，陳水扁利用其位高權重，以涉及國家絕對機密為由，以憲法規定總統有刑事豁免權為擋箭牌，百般抵賴，阻止調查、刑偵和起訴。他企圖將總統權力無限擴張，使之脫離民主法治的監督規範，已將民進黨最初提出的廉能政治的口號丟在一邊。
由此可見，臺灣政黨制度和憲政體制的缺陷明顯表現為雙首長制的不穩定性和政黨輪替的不確定性。政黨輪替以及黨政體制的變遷直接影響著權力結構的改變。因權力結構的改變，執政黨黨魁容易取得更多的特權與利益，加之藍綠兩黨周圍皆聚集著許多利益集團，官商互相勾結，互相利用，各種賄賂手段通常選擇隱秘的方式進行，遂導致了政黨輪替背景下藍綠兩黨貪腐受賄弊案的頻發。
