1954年2月底，在第一屆國民大會第二次會議期間，吳國楨上書國民大會，指陳政府六大缺失。其要點為：
（一）一黨專政，國庫通黨庫。國民黨主政方式，不但是一黨專政，而且國民黨的經費，非由黨員捐助，而是由政府，即國民負擔。這種辦法，除共產極權國家外，實為今古所無。國民黨內，也是仿效共產黨之所謂「民主集權」制；「民主」是假，「集權」是真。民主政治之實施，最少須有兩大黨之存在，才能使執政黨「有所警惕」，在野黨「有所展布」。國民黨所採取之方式，實係操縱把持，與基本民主政治不合。
（二）軍隊之內，有黨組織及政治部。國家軍隊必須國家化，俾其不致只忠於一黨或忠於一人。造成封建及內亂的勢力。但現時軍隊，不但有國民黨黨部的秘密組織，還有仿效共產黨政治指導員制度建立的政治部。軍中及別的升降，不以成績才能為依歸，而以個人與政治部的關係為主。吳指出，他與軍中有識之士私下談話發現，從將官到士兵，對政治部的觀感，「惡劣至無可復加」，甚至有言，「一朝作戰，必先殺政治部人員。」
（三） 特務橫行，唯我獨尊，藉其憑依，不知法律為何物，人民皆敢怒而不敢言。吳坦言，在他主持臺政三年多的期間，「幾無日不在與特務奮鬥之中。」他們「干涉選舉、擅捕人民、威脅敲詐、苦刑拷打，所在皆是。」
（四） 人權無保障。由於特務橫行，臺灣實已成為警察國家，人民權利幾已剝削淨盡。在他任內，曾訓誡捕人須先有犯罪證據，搜查必須經過法律手續。但他承認，因「職權所限」，無辜被捕被搜者，實不知有幾何人數。「每念及此，輒為痛心。」
（五） 言論不自由，報紙停刊，記者被捕。國大諸公對此也是心知肚明而不敢言。
（六） 思想控制。青年反共救國團之成立，實係模仿希特勒及共產黨之青年團。但此機構卻無明確的歸屬，吳也不明白究竟是國民黨還是政府主持。由於身份不明，他任內曾拒絕由省府撥給經費。此後的經費來源應該查究。顯然，對吳國楨來說，這是一個未經政府立法程序而私生的「怪胎」，卻能迫使學校「更換教員，壓迫學生」。
針對這些缺失，吳國楨要求政府：
（一） 組織委員會徹底查明國民黨經費來源，公佈真相，並頒訂原則，交由立法院議定「政黨法」，保障各方反共人士均能在臺公開成立政黨，批評政府。
（二） 撤銷軍中之黨組織及政治部。軍隊人員反共意識之訓練，應由有國家思想者主持，不得由任何一人或任何一黨包辦。
（三） 頒訂原則，交由立法院擬定「國家安全制度」之法律，明白規定特務機關之權力，及其違背者之罰則。
