1.台大研究圖書館草地如果是第一現場，那麼一定留有大量血跡，可是現場並沒有，而且阿成伏臥之處有玻璃碎片，如果從高處落下，這些玻璃為何沒有造成新的傷痕？
2.阿成的皮帶為什麼會繫在胸口和腹部之間？為什麼沒有穿襪子？他生前並不是這種打扮？
3.阿成的恥骨破裂三公分，這種傷不是跳樓所可能造成的，顯然受到外力撞擊。
4.如果臀部先著地，那麼肋骨怎麼會斷十三根？
5.如果胸部先著地，那麼恥骨不可能破裂。
6.「證人」鄧維祥說阿成死前去他家吃芭樂汁、葡萄、煎蛋、洋火腿，但是解剖結果阿成胃內空無一物，阿成顯然在死亡前八小時內沒有吃過東西。
7.命案現場為什麼沒有保留，家屬尚未認屍就草率移屍？
代表陳文成任教的卡內基美隆大學前來台灣驗屍的法醫魏契（Cyril Wecht），則在他所著的《為民主而死》中，留下這樣的紀錄：
我對陳文成的遺體做過解剖，也對他墜落的現場進行過檢視(inspection)， 兩者都提供了使我認為與自殺不符的證據。
第一，他的遺體被發現時，是仰躺在溝子上的，背部朝下；第二，他的所有的傷只侷限在他的肋骨、胸骨和脊髓柱。以實際狀況而言，陳文成不可能爬上護欄跳落自殺而在離建築那麼近的地方以背部著地，並不是說跳樓的人會盡量跳得遠一些，而是他會要跳離建築物 (clear the building)。已有證據證明陳文成的身體曾撞到二樓的平台，一個人不可能跳高起來又跳出去(jump up and out)，然後身體再回到靠近建築物的地方，這不合邏輯。
假使是自殺，我懷疑應該有其他頭部、頸部、臉部或手部傷。假使是自殺，我想陳文成的遺體會墜落在離建築物較遠的地方，不是在水泥地上，而是在草地上， 他會嚴重受傷，但不會是致命傷。陳文成身上的傷，比較像是他被某種方式導致無法自主(incapacitated in some fashion)後，再被抱起來越過護欄直直地丟下。
2019年，國史館出版了《陳文成案史料彙編》，首度紀錄了當年警總對陳文成近200頁的談話錄音帶譯文，當年負責偵訊的上校鄒小韓，連陳文成與小學同學或美國室友私下吃飯聊天的對話都能詳細掌握，但即使知道自己的一舉一動都在恐怖的監視之下，即使經過了12小時肉體及精神上的凌遲，陳文成依然堅持著自己的信念。
「你作為國民黨員，盡了什麼義務？」
「我支持民主。」
「姚嘉文寫的文章就是顛覆國家！」
「在我看來不是。」
「你在海外這幾年，為台灣做了什麼？」
「我一直希望台灣進步。」
