腸道內的常駐菌，在人體生理基本功能扮演了排除外來病原菌的重要角色，它們藉由吸附腸道上皮細胞形成一道保護層，以達到阻斷病原菌入侵的效果，並能與外來病原菌競爭腸道中的營養；最後，藉由腸道常駐菌代謝所產生的有機酸，或具有抑菌功能的抑菌素等，也達到抑制病菌生長的目的。
漂亮腸道菌相除提供免疫調節、胃腸功能改善、調節血脂、護肝、 調節血糖、減輕腫瘤化療毒副作用等，近期更有許多體重、抗憂鬱相關研究出爐，許多慢性病的發生，都被發現是長期腸道生理狀態不平衡所致。（延伸閱讀：大腸其實是我們的「第二大腦」）因此如何讓腸道留有漂亮菌相，成為了食品界最受矚目的發展。
想要好菌，我該從何獲得？
人體的大腸中有大量大腸桿菌、金黃色葡萄球菌等壞菌，而乳酸菌之所以常被稱為益生菌，是因為乳酸菌可消化乳醣代謝產生乳酸，而這些乳酸正是壞菌的剋星，因壞菌不易存活於酸性的環境，所以設法提高腸內的乳酸菌量、營造出酸性環境，便可減少壞菌盤踞，達到「益生」目的。
除了藉由改善飲食習慣，多纖維、少飽和脂肪、多喝水等可改善腸道菌相，若要直接補充乳酸菌進肚子裡的話，富含乳酸菌的食物其實非常少。
以較具代表性的泡菜而言，其所含的乳酸菌通常1公克僅含數十萬、頂多數百萬個乳酸菌，比起優酪乳、養樂多等飲品或乳酸菌補充性食品，其每公克所含乳酸菌為數千萬個，有些許落差。而若經口服，活菌進入人體扺達腸道的過程必須經過許多考驗，簡言之，胃酸、膽鹽、消化酵素等，對活菌來說都有一定程度的傷害。
就算菌株活著到達腸道，也必須面對其他腸道菌的競爭，不一定能在腸道中定殖，不同菌種或菌株也會讓最終命運大不同。
優酪乳的菌真的可以喝進腸道嗎？
舉例來說，保加利亞桿菌（Lactobacillus bulgaricus）和嗜熱鏈球菌（Streptococcus thermophilus）並不太能在腸道的黏膜表面定殖，僅能在有限期間內發揮效用。
輔仁大學食品科學系教授蔡宗佑表示，廣泛來說菌株從入口到被排出約2周的時間，因此優酪乳通常得視產品攝取頻率建議來持續性飲用。
剛才提到不同菌株也會因特性不同而命運大不同，有些菌株即便少少的也能抵達腸道成功定殖，有些菌株可能對人體來說具備特殊生理功效，但同時卻很不耐消化道「摧殘」。
因此優酪乳產品開發上便會選擇耐胃酸、耐膽鹽能力較強之菌株，讓可達腸道的乳酸菌數得以提高，也延伸出晶球等包埋技術，選用腸溶性包覆材料，讓吃下去的菌株到腸子才釋放出來，以保護某些生理功效較強但對環境耐受性較差的菌成功抵達腸道。
