隨著出生率的逐步下降、適齡學生數量減少以及政府撥款、補助不斷削減，日本高等院校在學生招收和財務狀況等方面都面臨嚴峻挑戰。專家擔心，如果不能採取有效措施，2020年之後，包括設在中小城市的國立和公立大學在內的非知名大學將相繼倒閉。
日本的大學分為國立、公立、私立。國立大學由國家直接設置，從2004年4月1日的新學年開始，所有國立大學都要成立獨立的法人組織。公立大學是由地方公共團體（都道府縣，市區町村）設置。私立大學是由學校法人設置。
位於宮城縣仙台市的私立大學「東北學院大學」（維基百科）
招生計劃難完成
由於日本新生兒數量逐年減少，報考大學的高中畢業生人數直線下降，非知名大學招生出現困難。1992年，日本全國各大學新生招收指標為47萬，當時有92萬學生報考。2014年，新生招收指標提高到59萬，考生人數卻減少到66萬，絕大部分想上大學的學生都能夠如願以償。2014年，日本高等院校的在校生人數為285萬，比10年前減少超過4萬。
近年來，日本人口下降的局面不但沒有得到改善，反而越發嚴峻。2013年出生，將於2031年到達上大學年齡的大學生預備人口只有104萬，比2013年的大學生預備人口減少15萬。預計2020年的新生嬰兒數量將減少到約83萬。
今後大學之間的學生爭奪戰勢必越來越激烈，除了具有世界級教育品質的名校以及在日本教育界具有較高影響力和好口碑的知名學府之外，其他高等院校都面臨嚴峻的生存危機，對設在中小地方城市的高校衝擊更大。日本國土交通省預言，今後人口在12萬5000以下的絕大部分城市，大學將會消失。
財務狀況惡化
由於學生數量下降，學費收入成長停滯，開支增加以及政府撥款、補助減少，日本多數高校的財務狀況都在惡化，經營出現困難。《讀賣新聞》對日本129家主要高等院校的調查結果顯示，58%的學校經營狀況惡化，私立大學更有68%的學校經營狀況不良，出現了不同程度的虧損。
日本私立學校振興共濟事業團的調查結果顯示，2014年，在日本全國578家4年制大學中，有一半以上的大學未能招滿學生，比上年增加了6%，特別是比較偏遠的東北和四國地區，私立大學招生困難問題更加突出。
此外，日本經濟一直未有太大的起色，政府用於高等教育的財政撥款也在不斷減少，不僅私立大學的補助減少，就連國立大學的財政撥款也受到很大影響。2012財年，用於國立大學的財政撥款為1兆791億日元，比上年度減少574.26億日元，平均降幅超過5%，部分學校的降幅達到10%甚至20%。
學校多種措施自救
為解決學校招生難、運營資金不足等問題，日本高等院校正在積極採取擴大招募外國留學生的同時，大力增強大學附屬醫院經營管理、並舉辦各種名義的活動，鼓勵各界人士積極捐款。
許多大學積極展開募資活動，呼籲各屆校友積極捐款，反哺母校。早稻田大學校長親自拜訪企業經營者，呼籲企業家幫助學校興建國際學生公寓，在過去一年已募集到13億日元。一橋大學、富山大學、京都府立醫科大學等高校也接到為數可觀的各類捐款。
努力招徠留學生
近年來，日本不少大學積極到中國等亞洲國家招收留學生，努力擴大生源，增加收入。日本文部科學省也積極配合高校招收外國留學生，計劃將目前的13萬外國留學生擴大到30萬，以彌補國內大學招生人數不足的同時，擴大日本高等教育在國際上的影響力。
2013年的數據顯示，在日本的留學生中，90%來自亞洲地區，其中最多的是中國留學生，占總數超過半數，達到60.4%，有將近8萬2000人；排名第2的是南韓，有1萬5000人；台灣留學生也有4700人，排名第4。
