「從前從前……」吉勒摩戴托羅每次都以童話故事的溫柔口吻作為開頭，但童話背後總帶有對社會的反思批判。
《羊男的迷宮》以西班牙內戰作為背景，儘管其中對地下王國的奇幻異想讓人著迷，但裡頭對人性的灰暗描寫卻讓人無法直視，這次《水底情深》的背景則拉至美蘇冷戰時期的1960年代，從蘇聯發射第一顆人造衛星後，美蘇之間展開科技以及太空的強烈競爭，不只國與國的對立，人與人之間也瀰漫著一股疏離以及不安。這次，導演吉勒摩戴托羅循著自己對於魔物的奇想，加上過去他的作品一貫擅長的暴力、血腥、殘酷元素，架構了一個以愛為名的成人童話，卻掩蓋不了導演想傳遞的滿滿溫柔。（以下有雷）
電影一開始即建構出女主角伊萊莎與「水」的強烈連結，揭示整部片以水為主要意象。她夢到自己在水中、她將水煮蛋丟入滾水作為午餐、她在浴缸自慰，每日的重複作息都暗示著她與水的關聯，而她與不得志的同性戀畫家好友嘉爾，一起住在電影院樓上的舊公寓內，伊萊莎不能說話，嘉爾是同性戀，他們同樣因為不被人了解而感到寂寞，但她單純平凡的日子，卻因為意外發現實驗室的魚人而起了變化。
故事中曾提到，在魚人的故鄉亞馬遜河當地，被原住民奉作為神的象徵，但被捕到美國之後，在冷戰時期卻只被視為用來研發科技、突破太空競賽的「資產」。電影中的反派，理察上校無時無刻都攜帶著電擊棒，來彰顯自己的威嚴及權力地位。他所表現的就是惹人厭的中產階級，重視物質慾、崇尚權力，甚至更自栩為神，縱使他不斷透過《聖經》中的故事「參孫與大利拉」想要捍衛自己的地位，但最終仍得臣服於人魚擁有超乎人類能力，真正的「神權」底下。相較於上校對於魚人的殘暴，伊萊莎則的肢體顯得溫柔，他用非語言的符碼與魚人交流照樣流暢，先是以水煮蛋建立關係，之後以手語、音樂、舞蹈進行情感交流，她與魚人之間，互相滿足彼此慾望，以最純粹的方式理解對方，不需要語言也能溝通，看見彼此最真實的樣貌，而科學家在一旁發現了魚人能夠溝通、近似於人的情緒反應，也見證了他們的愛。
而當伊萊莎發現政府希望將魚人解剖進行科學實驗時，過去給人柔弱形象的她，決心挺身而出要將魚人將地牢中救出。這場救援行動串起了伊萊莎身邊這些看似手無縛雞之力的弱勢者：身體缺陷的啞巴、深受種族歧視困擾的黑人、衰老而不被接納的同性戀者。同樣遭遇社會施加的無形暴力，更使得他們團結一致對理察上校所代表的掌權者進行反抗，他們尋求自由，尋求解放，拒絕囚禁、拒絕被權威宰制。在這導演埋藏各式線索，隱喻著社會上的弱勢族群，總是需要挺身而出，對主流、對掌權者的漠視進行抗爭，然而這些毫無權力被社會邊緣化的人，往往卻是最富有同理心的一群，如此充滿勇氣的行動賦予這些無聲之人強大的力量。
