然而，大新竹期待合併升格能增加資源，其他縣市也勢必擔心在財政分配上遭邊緣化。因為當竹竹合併議題浮上檯面後，人口超過升格直轄市125萬門檻的彰化縣也有意申請升格，一旦台灣同時存在8個直轄市，依《財劃法》獲分較高比率的中央統籌稅款，非直轄市恐面臨更嚴重的資源稀釋、公部門人才外流困境。
「若竹竹合併為直轄市，統籌分配稅加補助款勢必會增加，但『餅』就是那麼大，一定會有人減少。」台東縣財政及經濟發展處副處長葉正鶴，坦率說出非直轄市的焦慮。嘉義縣選區的民進黨立委陳明文也提醒，合併升格不應變相掏空非直轄市，建議全國皆比照直轄市採行二級政府制，拉近城鄉落差。
專案計畫性補助有效？
無法完全取代自有財源
對於地方焦慮，民進黨立法院黨團總召柯建銘提出，依據《地制法》第87之3條規定，透過專案計畫性補助等方式，縮小直轄市與非直轄市的差距，縣市資源與建設「只會多、不會少」。
《地制法》第87-3條：縣市合併改制為直轄市時，其他縣市所受統籌分配稅款及補助款的總額不得少於該直轄市改制前。
然而，一位曾任地方財政首長的學者分析，中央政府雖透過一般性、計畫型及專案補助款，協助統籌分配稅款不足的縣市，但專案經費與地方首長能調度的「自有財源」（自籌財源加統籌分配稅款）間，終究存在差異，在野黨縣市長難免會懷疑中央大小眼，專款專用的補助也無法讓地方首長在個人重視的施政領域如教育、社福，投注較多資源。
該學者也提醒，即使依法行事，也不代表城鄉差距不會因此惡化，因為近年來統籌分配稅款的總額呈增加趨勢，直轄市與縣市按比率獲分的統籌稅款數字差距本已持續拉大；財政部因新增直轄市調整分配比率之後，如果直轄市獲分較多、縣市則維持過去金額，對非直轄市而言形同「不進反退」，不利區域平衡。
因此，竹竹合併議題要考量的不只是單一縣市治理與產業發展，學界多認為，「竹竹合併升格或有其效益，但應同步思考國土規畫、財政分配等其他重要議題，如果不能面面俱到，不如從長計議。」
「合併升格的討論，如果簡化到直轄市與非直轄市的統籌分配款，太狹隘了。」台灣金融研訓院院長黃崇哲建議，政府在推動竹竹併升格之際，應全盤考量國土發展，優先定義出直轄市、縣市之間，有哪些資源是需要被平等分配。
台北商業大學財稅系教授黃耀輝認為，統籌分配稅款先是分配比率對6都較有利，且分配「公式」未兼顧區域差異，比如占直轄市分配金額50％、非直轄市15％的重視營利事業營收，其實對桃園這樣實際負責工業生產、但公司登記未必在工廠的直轄市並不公平；只計算營利事業營收，對以農業生產為主的雲林、嘉義、屏東也不公平。
