從至正二十八年正月初四（一三六八年一月二十三日），朱元璋在應天府稱帝建立明朝，到明成祖朱棣發動靖難之役奪位登基、永樂十九年（一四二一年）遷都北京為止，南京作為明朝首都的歷史並不長，但自古成名的金陵鴨料理，卻因首都遷移而北上，一般而言中國的飲食文化總是隨著戰亂由北向南傳播，像北京烤鴨這種透過皇帝本人意志由南往北的「逆向工程」，實屬奇葩級的異數。
明朝以前北京無烤鴨可吃
魏晉南北朝的《食珍錄》一書之中就有類似烤鴨的做法，稱為「炙鴨」；元朝天曆年間御廚忽思慧在其所著的《飲膳正要》裡則寫到了「燒鴨子」這道料理。南京最有名的鹽水鴨因低溫煮熟，肉質纖維保水性較好，吃來多汁細嫩。這應該是中國料理史上極少數的低溫熟成禽類料理，放到今日來看，與火紅的Sous Vide（低溫真空烹調，又稱「舒肥法」）有異曲同工之妙。
研究料理時會發現一個有趣的現象，不管國家歷史再久，其現代料理發展成型的時間都意外地短─例如四川和湖南人，其實在清道光年間、也就是十九世紀初才開始吃辣，韓國人也在相同的時間點以辣椒入菜，再往前推，蒙古人踏上朝鮮半島之前， 現在幾乎成為韓國國家象徵的烤肉，當時他們可是不吃的。同樣的現象也出現在北京烤鴨上，北方人在飲食上偏好牛羊豬，並不特別愛吃禽類料理，光看北京一地，除了烤鴨，幾乎沒什麼名菜是以鴨作為食材，在明成祖遷都之前，北京人恐怕也不會做烤鴨。
江流縱橫，禽類飼養繁盛的江南，才具備孕育出烤鴨料理環境，南京人愛吃的「叉烤鴨」是北京烤鴨的前身，以兩隻鐵叉穿透鴨身烤過後，再以熱油澆淋使皮酥脆而成。朱元璋非常愛吃南京烤鴨，有「日食烤鴨一隻」的說法，因此宮廷御廚無不精進烤鴨技術，以博取皇帝歡心。明成祖遷都北京時也將這些御廚帶到北京，從南北縱貫河北、山東、江蘇與浙江四省的「京杭大運河」北上，就這樣南京的烤鴨一路流傳被包進了山東的荷葉餅，配蔥與甜麵醬，混血再創新，漸次成形今日北京烤鴨的樣貌。
燜爐與掛爐的正統之爭：便宜坊ＶＳ 全聚德
明朝永樂十四年（一四一六年），在北京的菜市口米市胡同開了一間「便宜坊」 烤鴨店，意思是「方便宜人」，也就是便宜不貴，這是北京第一家烤鴨店，當時賣的鴨叫作「金陵片皮鴨」。烤製的技法是先讓爐火升高到一定溫度，再將「鴨坯」（指處理好的鴨子）放在爐中鐵罩內，憑著爐内炭火與燒熱的爐壁燜烤，稱為「燜爐烤鴨」。由於這種方法鴨子「不見明火」，爐内溫度先高後低，溫度自然下降，火力溫而不烈，加以空氣濕度大，鴨體受熱均匀，油脂與水分流失較少，皮與肉不會脱離。燜爐烤鴨技術不斷在燃料上加以改進，也研發新口味，推出了茶香、蓮香和棗香等「花香酥」系列烤鴨。
