● 我們吃的食物應該少加工和降解（degrade），無論這兩道程序是在工廠還是在廚房進行的；食物裡應該具有可緩慢消化的天然纖維基質（有時稱為「益生元」）。我們的舊石器時代祖先每天食用大約100克纖維，而現今典型西方飲食中的纖維只有15克左右。
纖維意味著宿主（也就是我們）會攝取到的卡路里更少，營養素的生體可用率低，但有更多基質（substrate）提供給我們的腸道微生物。這並不代表食物應該是生的，透過蒸煮或微波爐烹飪能比其他烹調方法保留更多營養素，這可讓食物變得可口，而且處於可緩慢消化的狀態。
● 攝取富含益生菌的天然食物有助於保持腸道健康，大家已經發現吃下一整個生鮮水果的好處多多。一顆蘋果含有多達一億個細菌，而且比任何益生菌補充劑都更多樣化（也更平價）。益生菌補充劑被用來使患有腸激躁症和肥胖症等疾病的人腸道菌叢正常化，但對一般健康益處的證據，比方說對免疫系統的好處，則是模棱兩可的。到目前為止，沒有多少研究顯示益生菌補充劑對健康人士有這方面的好處，也沒多少證據能證明少量補充的益生菌可在腸道內繁殖，儘管廠商對這類產品的宣稱涉及誇大不實並不罕見。
● 富含植物、蔬菜和水果的飲食提供了在小腸中難以吸收的營養素，但這些營養素卻能在經過小腸時，讓腸道裡的微生物飽餐一頓。被稱為「多酚」（polyphenols）的物質就是個很好的例子，這種分子的「生體可用率」非常低，只有1∼5%能被小腸吸收，但我們的腸道菌叢喜歡它們，並會將它們分解而產生酚酸（phenolicacids），這對大腦功能非常重要！酚酸具有保護神經、抗發炎和抗氧化作用，可清除有害的「自由基」。多花點時間在多酚上是值得的。
在我們的腸道中有一種叫艾克曼嗜黏蛋白菌（Akkermansia muciniphila）的細菌，牠是以微生物生態學家Antoon Akkermans的名字來命名的，你可能沒聽過這號微生物，但牠相當重要。此菌在2004年才被發現，牠會啃食我們腸道內壁的黏液層，並產生營養素（酮），這些營養素又會滋養製造黏液的細菌，黏液是本章前面討論的一種重要蛋白質，所以此菌可強化腸壁，並降低微生物滲透的風險。被過度餵食、以致比牠們瘦小的表親胖了三倍的小鼠，在被餵食此菌之後，體重減少了一半，而且飲食沒有做任何改變，這真是太神奇了！
在人類身上進行的研究則發現，瘦子體內有大量的艾克曼嗜黏蛋白菌，而肥胖症、腸激躁症和／或第二型糖尿病的患者體內則罕見此菌。看來此菌既具有抗發炎作用，又具有抗糖尿病作用，牠的作用與糖尿病藥物二甲雙胍（Metformin）非常相似。
