「綠藤生機」向來以優良雇主、良好企業形象著稱，不僅曾獲得2023亞洲最佳企業雇主獎，更5度得到國際B型企業最高榮譽獎項肯定，然而如今卻爆出多項醜聞，包括性騷擾、侵犯隱私、逼迫員購，以及某男性創辦人長期情緒暴力，在各大網路平台引起討論，讓「綠藤生機」不得不在官方臉書粉絲專頁上發表道歉聲明，董事長兼執行長鄭涵睿也請辭以示負責。
事件最早是從求職網站「天眼通」開始，許多離職員工匿名爆料「綠藤生機」各種鬼故事，且多數都圍繞在某創辦人身上，像是經常公開以三字經飆罵員工、有嚴重學歷歧視；因為篤信風水，所以每年都要公司部門換樓層位置；自誇自己曾被音樂人陳珊妮讚是「吉他神童」、邏輯比賽冠軍；自己開名車、家人穿戴名牌都沒關係，但看不過去員工用名牌包；故意在員工之間挑撥離間，就怕員工團結抵抗他，「對基層的看法就是當免洗筷，執行的人沒價值」。
隨後臉書粉專「美妝界的尖叫雞－G老闆編哥」就接獲爆料者投稿，將公司離譜文化統整成8大項，包括：對基層員工情勒、PUA，報加班會被關切；要求人在座位、進入晨間線上會議才算完成打卡；離職理由只能是進修，說創業會被嘴創業失敗，或是被搞得在新創圈混不下去；不是業務也要在員購大賽中背業績，宛如直銷、強迫下單，否則團隊取消獎金；春酒要求員工表演、讚頌公司，但卻發不出獎金；爆發數起性騷事件，同一名加害者卻未被開除；查探員工個人社群平台，公司不喜歡的內容都要修改或刪除，「有前同事在社群分享自己下一份工作怎麼準備履歷，結果被公司看到後請她離開」；實習工作跟正職一樣多，還有雜事，但錢不會多。
爭議越演越烈，有前員工就在個人臉書發文，描述自己當年在職的經歷，入職不久就被要離職的主管提醒被罵不要反駁，「無論對錯一定要先道歉絕對不要反駁，不然他會罵更久，一切就順著被罵等他發洩完」，沒想到被罵就是半小時起跳，而且因為辦公室不大，需要忍受被當眾砲轟的羞辱感，很多人都被情緒性字眼罵到哭，也有許多同事因此罹患身心疾病需要就醫治療，「其中一位至今都還在治療中，超過四年了」。
其中一件令她特別印象深刻的事件，是創辦人把公司理念作為「武器」來攻擊同事容貌，在主管會議上公開評論同事的 Slack大頭照，要會議中的其他人「表決」是否要當事人更換照片，即便當事人直接要求停止討論，說她願意換照片，創辦人仍堅持要大家討論出定案，「説我們是個講求真實的品牌，大家真的可以接受這張不真實的照片作為Slack上的照片嗎？」該名非常認同品牌信念、已經工作三年的同事，在數天後就離職了。
另外還有不少網友質疑「綠藤生機」的其他爭議，包括未開發票，疑似逃漏稅問題，還有要求員工開會「發芽時刻」等同於變相加班等，最終「綠藤生機」不得不出面，於5日在官方臉書張貼聲明，承認公司制度仍不完善，「男創辦人溝通直接、情緒管理需要進步」，但也提出數點澄清。
「綠藤生機」表示，姑息性騷擾、侵犯員工隱私、員購大賽、抽獎內定、炫耀名牌、迷信風水、年資一半不到一年、封鎖離職員工創業公司……等控訴絕非事實，至於創辦人高強度的工作要求「絕非綠藤所期待的樣態」，輿論對他們來說是非常大的警示，除了致歉外也會努力改進。而董事長兼執行長鄭涵睿也在10日請辭下台作為負責。
