包括平清盛在內的平氏掌權者都在鄰近大輪田泊的福原設置居所，1180（治承四）年，平清盛建造福原京並短暫遷都，此舉遭到外界強烈反彈，甚至引起源氏起兵，半年後平清盛被迫遷回京都。平清盛最初想在東起宇治川、西至妙法寺一帶興建福原京，可惜這個構想沒有完全實現。
進入鎌倉時代之後，大輪田泊改名為「兵庫津」，繼續轉運從九州與四國等西日本各地運過來的物資。到了室町中期，足利義滿推動明日貿易（編按：即明朝與日本），以兵庫津為據點，吸引朝鮮和琉球的商船停靠。
大量白米在兵庫津轉運
中世紀的日本，凡是有權力的寺社都擁有許多領地。1308（延慶元）年，伏見上皇經由兵庫津，運送捐給東大寺的物資。
奈良的東大寺與興福寺分別在兵庫津的南北設置關所（關卡），針對入港船舶收取通行稅。根據東大寺記錄的《兵庫北關入船納帳》，1445（文安二）年，全年從日本各地有約一○六處，共兩千艘左右的船隻進入兵庫津。運送米、鹽、木材、鐵等多達六十四個品項的貨物。
1467（應仁元）年爆發應仁之亂，細川勝元率領的東軍和山名宗全統御的西軍激烈對抗，兵庫津慘遭破壞。自此之後，堺津成為整個戰國時代的國際貿易港。
1580（天正八）年，織田信長將攝津分封給池田信輝，信輝在現今的兵庫區切戶町興建兵庫城。江戶幕府成立後，兵庫津先成為尼崎藩領地，後又納入幕府直轄地，由幕府派遣奉行治理城下。
江戶時代，伊勢出身的河村瑞賢開拓西迴航路，兵庫津再次成為日本數一數二的港灣都市。在此之前，東北日本海側收穫的米等物資都是運到越前（今福井縣）上岸，再從陸路送至畿內。自從西迴航路開通後，可全程透過海路，經由瀨戶內海送至兵庫津。作為貨物集散地的兵庫津從此開創了前所未有的榮景。
這段期間兵庫津最活躍的大商人，是以北風七兵衛為首的北風家。凡是入港的貨主或船家，北風家都免費讓他們住在自己家裡盛情款待，因此頗具人望。
北風家經營的商品之一，就是從畿內運至江戶的「下酒」。神戶上灘等「灘五鄉」從江戶中期以來就以釀酒聞名，不只是因為附近生產優質米，其地還擁有豐沛的水源。從六甲山流下來的宮川與住吉川一帶，也興建了許多利用水車碾米的精米小屋。灘的酒造家（釀酒人）的酒藏（酒窖）牆上有窗，引進六甲落山風，適度調節酒藏裡的溫度，設計頗具巧思。幕末時期，銷往江戶的酒樽，高達六成來自神戶。
到了江戶後期，高田屋嘉兵衛以兵庫津為據點，開拓連結蝦夷地（今北海道）與畿內的航路，從事包括昆布在內的海產買賣，賺取龐大利潤。
