新政府上任前，就傳出經濟部長李世光要把工研院、資策會合併，不過李世光否認，強調此傳言為「無稽之談」；但之後的安排則是工研院院長劉仲明暫代資策會執行長位置，合併之說又似乎「有影」。坦白說，兩單位合併與否或許可再討論，但大力整頓卻絕對有必要。
成立超過半世紀的工研院，曾衍生了台積電、聯電、世界先進等半導體大廠，那些台灣科技產業的開創者─從張忠謀、曹興誠、宣明智、胡定華、楊丁元、章青駒、蔡明介等業界「大咖」，都是出身工研院、或是曾是工研院的大小主管。半世紀以來，工研院號稱培育超過140位的產業CEO，新創及育成240家公司，堪稱台灣產業進步、經濟發展的重要推手與搖籃，其貢獻與重要性不言可喻，對岸甚至也在各地方仿效成立類似工研院的機構，以推動其產業與經濟。
而有別於純研究機構，工研院是應用研究單位，其最大的價值不在象牙塔中的研究成果，而在研發技術能能移轉到企業與產業，讓一個技術開花結果衍生出一家企業─甚至一個產業。也因此其成立宗旨就是「以科技研發，帶動產業發展，創造經濟價值，增進社會福祉」。
不過，過去的成功方程式未必是現在的成功方程式，更不會是未來成功的保證。40年前，民間企業力量微弱，以資通訊起家的工研院可以扮演母雞帶小雞的角色，但現在相較於台積電、聯電、聯發科、友達等大型企業，工研院就顯得資源不足又分散，「母雞」角色已難扮演好。
再者，更可慮的是工研院從當初本質上應是創業育成的角色，變成穩定安逸的公務機關；原本該是帶著研發技術出來創業、開拓新局、航向未來的研發人員，變成象牙塔中的純學術研究，甚至變成公務員式的工作，則工研院的初衷與成立目的盡失矣。雖然近幾年工研院仍有育成新創企業，但件數少而規模小。
以這次傳出新部長有意把工研院「拆遷」，引發內部反彈與造成人心惶惶而言，工研院各所與各地的產業聚落、大學資源作更深度與密切的結合，明顯是有利於落實工研院技術提升並落實到產業的成立宗旨；雖然也有人認為以台灣之小、交通之便利，未必要「拆遷」，但至少這是一個可思考的方向，也是可討論的議題。但工研院內部的反彈倒比較像個傳統的官僚機構，非常的「安土重遷」，而不是一個不畏變動、積極進取的創業機構。以此官僚機構心態，要再寄望工研院再如30年前一樣，為台灣一整個世代的新產業播種、育成，難。
至於資策會情況亦類似，縱然過去對台灣資訊產業有貢獻，但近20年則幾乎功能盡失，儼然成為一個以半官方身份壟斷接案、偶爾發表一些調查報告的單位而已，坦白說，實在看不出這樣一個單位能為台灣的資訊產業找出啥出路。曾任資策會董事的網路家庭董事長詹宏志，就曾痛批資策會功能不彰，甚至建議乾脆「現在就解散」。顯然資策會的定位、運作方式都到了不改革不行的地步了。
微軟併購諾基亞手機部門時，曾被矽谷科技界取笑說：「兩隻火雞合體不會變成雄鷹」（Two Turkeys Don’t Make An Eagle）。事實上亦復如此，微軟最後認命的把併購諾基亞這筆帳作資產減記76億美元；微軟與諾基亞後來各自再站起來靠的是自己的改革、策略調整與實力。
工研院與資策會的情況亦可作如是觀；這兩個過去輝煌、曾經重要、但現在功能轉弱、效益下降的機構，如果以為只是把他們合併就能解決問題，顯然是太天真了；推動改革、重新定位才是正道吧！
