阿里在1975年退出伊斯蘭國度，改宗正統伊斯蘭教的遜尼派（Sunni），更強調和平與包容。他曾語重心長地說：「光只是膚色，不會讓一個人變成魔鬼。」一直到生命的最後一天，阿里都是個虔誠的穆斯林，但也始終對其他宗教（包括猶太教）保持敬意。
「我跟越共可沒有什麼恩怨」
黑人民權運動之外，阿里也是美國反戰運動的典範人物。1966年2月，在有心人士操弄之下，年方24歲的阿里兵役狀態從「免服兵役」改列為「可被徵召」，之前他已經表明不願上戰場，此時更在記者逼問之下脫口而出：「我跟越共可沒有什麼恩怨。」（I ain’t got nothing against them Vietcong.）
此話一出，舉國譁然。當時越戰還頗獲民意支持，阿里立刻被主流媒體打成貪生怕死的自私之徒。但阿里犀利戳穿整個事件的荒謬性：「他們（美國政府）要我穿上軍服，到離家十萬哩的地方，用砲彈和子彈對付越南人；但是在我老家路易維爾（Louisville），所謂的『黑鬼』卻被當成狗一樣對待，連最基本的人權都沒有；他們憑什麼要我這樣做？」
阿里的反戰也與伊斯蘭教信仰息息相關，因此以「良心拒服兵役者」（conscientious objector）自居。儘管他從事的是「戰鬥」色彩最強烈的運動，但他指出：「拳擊場上有裁判，如果一名拳擊手受傷太重，裁判可以結束比賽。拳擊與使用機關槍、火箭砲、手榴彈、轟炸機的戰爭完全不同。」
徵兵危機持續發酵。1967年4月28日，阿里被召到德州休士頓（Houston）的陸軍徵兵處，一名軍官叫他的名字叫了4次，他都拒絕上前，於是當場遭到逮捕。阿里的「逃避兵役案」在當年6月27日宣判，陪審團只討論了21分鐘就判他有罪，最重可處5年有期徒刑。阿里不服，官司一路打到聯邦最高法院（SCOTUS）。
官司、坐牢都是大事，但阿里還面臨另一個嚴重威脅：拳擊生涯提前結束。他拒絕徵召的當天，紐約州運動員協會註銷他的會員資格，接下來其他各州爭先恐後效法，他的拳王頭銜也被褫奪。一直要到1971年6月28日，聯邦最高法院做出關鍵判決，推翻下級法院對他的有罪判決，他的拳擊生涯才重見天日。
儘管司法體系平反冤屈，然而年紀不到30歲、正值運動員巔峰時期的阿里，足足有3年半的時間無法踏上拳擊場，只能以校園巡迴演講、接通告上電視維生。後來他雖然重返擂台，又打了10年拳，但身手鋒芒已不如往昔，而且曾在多場比賽中受重傷。
身體力行，堅守原則，捍衛價值，對抗強大龐大的體制，寧可犧牲最摯愛的事業，也不願充當欺壓弱勢族群的幫兇。這就是沒有受過多少正規教育的阿里，成年後智力測驗分數只有78的阿里，自承終身沒有讀完任何一本書的阿里。
退休之後3年，阿里在1984年被診斷出罹患巴金森氏症（Parkinson's disease），年方42歲，不但行動能力大受影響，語言能力也迅速衰退；他向來一開口就滔滔不絕，後來卻只能喃喃低語。但阿里仍然保持旺盛的生命力，以人道工作者、慈善家、外交特使的身分，風塵僕僕世界各地。他的身體越來越差，在公開場合再也無法說話，世人對他的愛戴卻越來越深摯。
阿里離開拳壇很久了，可是他還有一場勝仗要打。1996年7月19日，亞特蘭大奧運舉行開幕典禮，在全場與全世界30億觀眾的驚呼聲中，阿里手執火炬登場，儘管身體猛烈顫抖，仍然成功點燃會場聖火，也讓無數人的驚呼化為淚水。
