原則上，若漁民不小心捕獲海龜，依法必須釋放回海裡，有受傷則按照程序通報海巡救援。然而實際情況並不總是那麼理想，「有時候會看到一些四肢被剪斷的海龜，但在海上很難找到是誰做的。」柯勇全提到，如果漁網纏繞得很緊，有些漁民不願意剪破漁網、就會剪斷海龜的四肢再丟回海裡，更添失血過多或感染的風險。
小琉球不少海龜「被船害死」！
小琉球則發生不少海龜遭船隻撞擊死亡、或者背甲被螺旋槳打破受傷。成立於2017年的「海龜點點名」公民社團，曾記錄一隻被命名為「小破洞」的海龜，背甲的左後部分有明顯的缺角，經專家研判很可能是被船隻螺旋槳打到的傷痕。程一駿表示，其實海龜被船槳打到的存活率很低，因為龜殼底下是肺部，再往下是其他臟器，如果傷到內部器官，就很難復元。
對於這樣的現象，小琉球的業者也憂心忡忡。島人海洋文化工作室蘇淮說，熱門景點花瓶岩附近海龜數量密集，但旁邊就是白沙港，十分靠近航道，「那邊我們記錄到的海龜，背甲有受傷的機率是比較高的。」
蘇淮認為，原因在於小琉球遊客數量越來愈多，尤其假日或連假，交通船為了載到所有遊客，會不斷增加班次、且速度越飆越快，很容易就會傷害到在淺海覓食的海龜。「如果可以的話，希望有一些管制措施。」他建議，「像是限制船進出港的速度。」
對此，柯勇全回應，事實上有部分船隻已經自主在螺旋槳外裝上保護罩，但因涉及私有財產，政府部門只可宣導、不能強制業者加裝；他還透露，上個月海保署與航港局已展開初步對談，討論船隻進出港限速的可行性，但有關怎麼降速、什麼時候實施，還沒有具體內容，需找更多專家學者、業者一起研議。
海龜在蘭嶼產卵還要面臨「光害」問題
蘭嶼是3座島嶼中，最多綠蠵龜上岸產卵的地方，據程一駿所述，蘭嶼的產卵母龜數量變化大，最近5到10年，每年都有10隻以上的母龜上岸產卵，2016年甚至達到24隻最高峰。然而蘭嶼並未劃設保護區，海龜受到光害、遊客干擾極大，多半聚集在達悟族人墳場附近較黑暗、罕有人煙的小八代灣沙灘產卵。
程一駿說明，蘭嶼的路燈沒有燈罩，又是LED燈、所以很亮，光會發散照到沙灘上，母龜認為光是干擾，不利於產卵，因而嚇跑；小海龜卻以為有光的地方是海，很開心跑到路燈處，被車輾過死亡或是迷失回家的方向。海洋生態暨保育研究室人員形容，過去有段時間八代灣路燈壞了，吸引部分海龜前去產卵，「後來路燈修好後，沙灘跟足球場一樣亮，母龜又通通回到小八代灣。」
談到2016年研究團隊碰上24隻母龜上岸產卵，實在太過密集，程一駿說：「100公尺的海灘擠了6 隻母海龜的蛋，隔天又一批母龜上岸，把前一批產的卵通通挖出、掃到地上，再產下自己的，學生覺得沒辦法，只好趕快把蛋搬到其他沙灘。」為解決光害干擾，海洋生態暨保育研究室多次向地方建議加裝燈罩、或者更換部分路燈等方案，但都窒礙難行。
有鑒於國際上已有不少單位嘗試研究如何創造對生物友善的夜間照明，程一駿如今正與一間科技公司接洽，希望用產學合作的方式，開發屬於台灣的生態友善燈具，「他們幫我們設計出一款高度、角度、燈光強度、波長、有無燈罩都可以調整的燈具。我們打算在蘭嶼的沙灘上做實驗，看用什麼樣的光，最有利於海龜下蛋。」
